利用3个F<sub>2</sub>群体整合高密度栽培种花生遗传连锁图

引用本文

郭建斌, 黄莉, 成良强, 陈伟刚, 任小平, 陈玉宁, 周小静, 沈金雄, 姜慧芳. . 利用3个F₂群体整合高密度栽培种花生遗传连锁图 . 作物学报, 2015, 42(2): 159-169
GUO Jian-Bin, HUANG Li, CHENG Liang-Qiang, CHEN Wei-Gang, REN Xiao-Ping, CHEN Yu-Ning, ZHOU Xiao-Jing, SHEN Jin-Xiong, JIANG Hui-Fang. . An Integrated Genetic Linkage Map from Three F₂ Populations of Cultivated Peanut ( Arachis hypogaea L .) . ACTA AGRONOMICA SINICA, 2015, 42(2): 159-169 复制到剪切板

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作物学报编辑部

利用3个F₂群体整合高密度栽培种花生遗传连锁图

郭建斌^1,², 黄莉¹, 成良强¹, 陈伟刚¹, 任小平¹, 陈玉宁¹, 周小静¹, 沈金雄², 姜慧芳^1,^*

¹中国农业科学院油料作物研究所 / 农业部油料作物生物学与遗传育种重点实验室, 湖北武汉 430062

²华中农业大学植物科学技术学院, 湖北武汉 430070

^*通讯作者(Corresponding author): 姜慧芳, E-mail: peanut@oilcrops.cn, Tel: 027-86711550

第一作者联系方式: E-mail: guojb@webmail.hzau.edu.cn, Tel: 13007123983

收稿日期:2015-06-24 接受日期:2015-11-20 网络出版日期:2015-12-07

基金:本研究由国家自然科学基金项目(31271764, 31371662, 31471534, 31461143022), 国家重点基础研究发展计划(973计划)项目(2011CB109300), 农业部农作物种质资源保护项目(NB2010-2130135-28B)和国家现代农业产业技术体系建设专项(CARS-14-花生种质资源评价)

摘要

遗传图谱的构建及整合是开展花生分子育种研究的基础, 利用多个作图群体整合遗传图谱是解决图谱标记密度低的有效途径。本研究采用基于锚定SSR标记的作图策略, 构建3个F₂群体3张遗传连锁图, 利用JoinMap 3.0软件整合图谱, 获得一张包含20个连锁群、792个位点、总遗传距离为2079.50 cM, 标记间平均距离为2.63 cM的整合图谱, 各连锁群标记数在20~66个之间, 遗传距离在59.10~175.80 cM之间。将3个分离群体中检测到的与荚果及种子大小相关的QTL区段与整合连锁图的标记比较发现, 各群体中检测到的位于各染色体上的QTL在整合图谱中都能出现, 有些QTL标记区间在整合图谱中存在更多的标记, 为今后利用这些标记进行精细定位奠定了基础。

关键词: 花生; SSR; 整合图谱

An Integrated Genetic Linkage Map from Three F₂ Populations of Cultivated Peanut ( Arachis hypogaea L .)

GUO Jian-Bin^1,², HUANG Li¹, CHENG Liang-Qiang¹, CHEN Wei-Gang¹, REN Xiao-Ping¹, CHEN Yu-Ning¹, ZHOU Xiao-Jing¹, SHEN Jin-Xiong², JIANG Hui-Fang^1,^*

¹ Oil Crops Research Institute of China Academy of Agricultural Sciences / Key Laboratory of Biology and Genetic Improvement of Oil Crops, Ministry of Agriculture, Wuhan 430062, China

²College of Plant Science & Technology of Huazhong Agricultural University, Wuhan 430070, China

Fund:This study was supported by the Natural Science Foundation of China (31271764, 31371662, 31471534, 31461143022), the National Key Basic Research Program of China (973 Program), the Crop Germplasm Resources Protection Project (NB2010-2130135-28B), and the China Agriculture Research System (CARS-14-peanut germplasm resource evaluation)

Abstract

The genetic linkage map is important for peanut molecular breeding. Construction of integrating genetic linkage map using multiple populations is an effective approach to increase the marker density of map. Three maps were constructed with three F₂ populations, respectively in the present study. Based on anchored SSR markers in the three maps, we constructed a new map with 792 SSR loci and total map distance of 2079.50 cM (the average distance is 2.63 cM). The length of linkage groups varied from 59.10 to 175.80 cM, and the number of markers was from 20 to 66 in the integrated linkages groups. Comparing the intervals of QTLs linked to the pod size and seed size in the three F₂ populations with the markers in the integrated linkage groups, all the QTLs linked to the pod size and seed size could be found in the integrated map. Some intervals of QTLs had more markers in the integrated map than in the F₂ linkage groups in the present study. The markers in the intervals of QTLs of the integrated map could be used for fine mapping.

Keyword: Cultivated peanut; SSR; Integrated genetic mapping

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花生(Arachis hypogaea L.)是我国乃至世界范围内广泛种植的经济作物和油料作物, 花生仁中含有丰富的脂肪和蛋白质, 具有很高的营养价值和经济价值。栽培种花生是异源四倍体(AABB, 2n= 4x= 40), 其基因组比较大, 遗传多样性缺乏^[1], 有关花生遗传图谱构建、基因定位和重要性状QTL的研究分析相对滞后。但是近年来, 随着分子标记技术的发展, 其遗传图谱构建和重要性状的QTL定位取得了很大进展。遗传图谱的构建是分子辅助育种乃至基因定位和图位克隆的基础。分子标记遗传连锁图谱为花生QTL和基因定位等研究奠定了基础, 如花生抗病、抗逆、产量和品质等的QTL或基因定位均借助于分子标记遗传连锁图谱。姜慧芳等^[2]利用重组近交系群体检测花生青枯病抗性SSR标记, 获得一张包含8个连锁群的栽培花生部分遗传图谱, 总长603.9 cM。彭文舫等^[3]利用远杂9102和Chico杂交构建重组自交系群体, 构建了一张包含98个AFLP标记、总长为285 cM的栽培种花生AFLP遗传连锁图谱。洪彦彬等^[1]以粤油13× 阜95-5为杂交组合构建重组自交系, 得到了一张包含108个标记, 涉及20个连锁群, 总长568 cM, 平均距离为6.45 cM的花生遗传图谱。虽然花生遗传图谱的构建取得了一定的进展, 但是覆盖基因组不全, 图谱密度不高, 缺乏通用性和实用性。为得到高密度的花生遗传图谱, 图谱的整合是重要途径。图谱整合是为了弥补单个作图群体因分子标记多态性的局限性而难以构建高密度图谱的有效方法。Qin等^[4]对2个RIL群体的遗传图谱进行整合, 得到了一张包含21个连锁群, 324个标记, 总遗传距离为1352.10 cM的遗传图谱。Gautami等^[5]以3个RIL群体及3215个SSR标记, 构建了一张包含293个SSR位点、涉及20个连锁群, 全长2840.80 cM, 平均标记密度为9.70 cM的遗传图谱。张新友^[6]以郑8903× 豫花4号为杂交组合构建重组自交系群体, 结合郑9001× 郑8903、白籽× 豫花4号、开农白2号× 豫花4号3个作图群体, 以共有标记为基础, 构建了一张包含17个连锁群、101个标记、总长为953.88 cM的栽培种花生遗传图谱。选择适宜群体进行遗传连锁图的构建和整合, 得到高密度的遗传连锁图谱, 有助于更多的QTL定位或基因分析。

本研究拟在3个与荚果和种子大小相关的F₂分离群体的遗传图谱基础上, 利用共同标记作为锚定标记, 整合高密度的花生分子遗传连锁图谱, 分析单个分离群体的QTL及在整合图谱上的位置, 为分析不同种质间QTL的差异奠定基础。

1 材料与方法

1.1 作图亲本

徐花13属中间型、中早熟大粒品种; 中花6号属珍珠豆型早熟中小粒品种。富川大花生是龙生型地方品种, 种子大小中等; ICG6375是来自ICRISAT的珍珠豆型小粒材料。中花10号是珍珠豆型早熟中粒花生品种; ICG12625是来自ICRISAT引进的多粒型品种。

1.2 作图群体

FI群体是以富川大花生为母本、ICG6375为父本杂交得到的含有218个单株的F₂群体。XZ群体是以徐花13为母本、中花6号为父本杂交得到的含有282个单株的F₂群体。ZI群体是以中花10号为母本、ICG12625为父本杂交得到的含有232个单株的F₂群体。

1.3 基因组DNA提取及PCR扩增

在花生苗期取幼嫩叶片, 采用CTAB法提取基因组DNA。所用引物为查阅文献[7-11]的图谱上的和本实验室新开发的SSR引物, PCR体系10 μ L, 含10~20 ng模板DNA 2 μ L、Mix 2.5 μ L (由北京全式金生物技术有限公司生产)、ddH₂O 5 μ L、10~40 pmol L^-1 SSR引物0.5 μ L, PCR程序为Touchdown, 扩增条件为94℃预变性3 min; 93℃变性30 s, 65℃退火30 s, (每个循环-1℃), 72℃延伸1 min, 共10个循环; 93℃变性30 s, 55℃退火30 s, 72℃延伸1 min, 共20个循环; 72℃延伸10 min。PCR产物变性后经6%的聚丙烯酰胺凝胶电泳分离, 银染显影。

1.4 基因型统计及遗传连锁图构建

与母本相同的带型记为“ A” , 与父本相同的带型记为“ B” , 同时具有双亲带型的记为“ H” , 缺失的带型记为“ -” 。采用JoinMap 3.0软件绘制遗传图谱和整合图谱。设置LOD≥ 2, 步长为0.5, 在2.0~20.0的LOD值范围内对所有标记分组, 并利用Kosambi函数将重组率转换为图谱距离(cM), 构建遗传图谱。比较不同群体中各个连锁群上共有的SSR标记并将此标记作为锚定标记, 利用JoinMap 3.0进行各连锁群的整合。

1.5 表型性状考察及QTL定位

将F₂材料种植于中国农业科学院油料作物研究所试验农场, 常规田间管理。单株收获, 晒干后随机选取10个成熟饱满的荚果紧密排成直线, 中间不留空隙, 测量荚果长和荚果宽。重复3次, 计算平均值。取每个荚果果嘴部分的种子, 将10个成熟饱满种子紧密排成直线, 中间不留空隙, 测量种子长和种子宽。重复3次, 计算平均值。结合构建的遗传连锁图, 采用WinQTLcart 2.5软件的复合区间作图法进行QTL定位和效应估计。

2 结果与分析

2.1 SSR多态性分析

选用的和本实验室开发的SSR引物信息见表1, 筛选亲本间具有多态性的引物检测F₂群体, 结果表明, ZI群体的多态性引物相对较多, 为13.94%; XZ群体的多态性引物相对较少, 只有10.39%。各群体的多态性引物比例列于表1。

表1 3个花生F₂群体多态率 Table 1 Percentage of polymorphic primers tested in three populations

2.2 F₂群体的遗传连锁图谱构建

以F₂基因型数据为基础, 利用JoinMap 3.0软件进行遗传连锁分析, 构建了3张遗传连锁图。FI群体的连锁图包含22个连锁群(分别命名为LGF1~ LGF22), 347个位点, 图谱总长度为1675.6 cM, 连锁群上标记间平均距离变异范围为2.8~12.0 cM, 总的标记间平均距离为5.7 cM, 不同连锁群上标记数差异较大, 标记数最少的只有6个, 最多的有26个标记。XZ群体的连锁图包含22个连锁群(分别命名为LGX1~LGX22), 228个位点, 图谱总长为1337.7 cM, 标记间平均距离为7.2 cM, 标记数最少的连锁群只有3个标记。ZI群体的图谱包含20个连锁群(分别命名为LGZ1~LGZ20), 470个位点, 图谱总长为1877.3 cM, 标记间平均距离为4.0 cM, 标记分布比较均匀。3张连锁图的基本信息列于表2。

表2 三张连锁图的基本信息 Table 2 Basic information of the three genetic linkage maps

将所构建的3张遗传连锁图分别与Shirasawa等^[15]根据16个群体整合的栽培种(目前标记密度最高的栽培种花生)遗传图谱比较, 发现LGF1~LGF22能对应到Shirasawa (2013)整合图的A1~A10和B1~ B10, LGX5~LGX22能对应到Shirasawa整合图的A1~A10和B2~B6、B9~B10, LGZ1~LGZ20能对应到Shirasawa整合图的A1~A10和B1-B10。因此, 为了方便图谱的整合, 将LGF1~LGF22分别命名为FA1~ FA10、FB1~FB10、FA7a和FB7a, 将LGX5~LGX22分别命名为XA1~XA10、XB2~FB6、XB9~FB10和XB3a, 将LGZ1~LGZ20分别命名为ZA1~ZA10、ZB1~ZB10。

2.3 图谱整合

分析所构建的3张花生F₂群体遗传连锁图, 两两相互比较, 统计各连锁群上共有的SSR标记(表3)。FI与ZI群体之间各对应连锁群的共有标记数较多, 最多的有14个, 而ZI与XZ之间、FI与XZ之间各对应连锁群的共有标记要少些。

表3 3个图谱相互比较共有标记数 Table 3 Numbers of common markers among three individual maps

以上述3张F₂连锁图上共有的SSR标记作为锚定标记, 利用JoinMap 3.0软件进行图谱整合, 得到了一张包含20个连锁群(分别命名为IA1~IA10、IB1~IB10), 792个位点的整合图谱(图1)。图谱总长为2079.50 cM, 标记间平均距离为2.63 cM。连锁群长度介于59.10~175.80 cM范围内, 不同连锁群上标记数分布相对比较均匀, 各连锁群标记数在20~66个之间, 连锁群上标记间平均距离变异范围为1.70~ 5.40 cM。最长的连锁群是LG13 (175.80 cM), 同时也是标记最多的连锁群(66个), 标记间平均距离为2.66 cM。标记密度最大的LG1连锁群, 标记间平均距离只有1.70 cM。整合图谱的基本信息列于表4。

表4 标记在连锁群上的分布 Table 4 Distribution of markers in the linkage groups

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	图1 花生遗传连锁图谱Fig. 1 Linkage maps of peanut

将本研究整合的图谱与Shirasawa (2013)整合的栽培种遗传图谱比对, 发现本研究整合图谱的20个连锁群能够与Shirasawa根据16个群体整合图谱的20个连锁群一一对应(表4)。本研究整合的图谱中有382个标记在Shirasawa整合的20个连锁群上, 还有410个标记是Shirasawa整合图谱中没有的。

2.4 花生荚果大小和种子大小QTL定位

从表5可以看出, 3个群体的亲本及其后代在荚果及种子大小方面均存在较大差异。

表5 亲本及F₂代群体性状差异 Table 5 Variation of the pod and seed size in the parents and F₂ populations (cm)

利用上述3张F₂遗传图谱, 通过软件WinQTLcart 2.5采用复合区间作图法, 分别对3个F₂群体的荚果长、荚果宽、种子长、种子宽共4个性状进行QTL定位分析表明, 以FI群体共检测到18个QTL, 分布在5个连锁群上。以XZ群体共检测到13个QTL, 分布在4个连锁群上。以ZI群体共检测到10个QTL, 分布在8个连锁群上(表6)。

表6 3个F₂群体检中测到的QTL Table 6 QTL for the agronomic traits in three F₂ populations

群体 Population	环境 Environment	性状 Trait	QTL名称 QTL name	连锁群 LG	位点 Position	标记区间 Marker interval	LOD值 LOD value	加性效应 A	显性效应 D	贡献率 R² (%)
FI	Wuhan	PL	qPLA5.1a	FA5	24.51	AHGS1341-pPGPseq9A7	8.47	0.19	-0.09	24.24
			qPLA5.1b	FA5	35.41	TC2B9-Ah4-26	9.22	0.18	-0.11	24.29
			qPLA5.1c	FA5	47.61	PM45-GNB533-2	6.63	0.17	-0.16	26.11
			qPLA7.1	FA7	34.51	AHGS1980-pPGPseq3A1	3.35	0.10	0	5.70
		PW	qPWA3.1	FA3	38.31	AY232-AHGS0132	3.11	0.03	-0.05	8.49
			qPWA5.1a	FA5	22.31	AHGS1904-2-AHGS1341	5.76	0.06	-0.03	16.14
			qPWA5.1b	FA5	30.21	ARS715-TC2B9	3.26	0.05	-0.02	9.42
			qPWA5.1c	FA5	41.71	Ah4-26-POCR413	2.73	0.03	-0.04	7.50
			qPWA8.1	FA8	55.31	ARS120-AHGS2319	3.93	-0.04	0.04	9.85
			qPWA10.1	FA10	42.61	AHGS1606-AHGS1566	3.62	0.05	-0.01	7.42
		SL	qSLA5.1a	FA5	24.51	AHGS1341-pPGPseq9A7	7.38	0.08	-0.04	20.80
			qSLA5.1b	FA5	35.41	TC2B9-Ah4-26	6.70	0.07	-0.04	16.97
			qSLA5.1c	FA5	42.71	PM45-GNB533-2	5.98	0.07	-0.05	19.32
			qSLA7.1a	FA7	29.41	AHGS1475-pPGPseq3A1	4.36	0.05	-0.04	11.15
			qSLA7.1b	FA7	41.31	AHGS2022-AHGS2413	2.53	0.04	-0.02	5.66
		SW	qSWA5.1a	FA5	35.41	TC2B9-Ah4-26	2.94	0.01	-0.03	7.42
			qSWA5.1b	FA5	42.71	PM45-GNB533-2	3.04	0.02	-0.04	9.43
			qSWA10.1	FA10	22.81	AHGS1939-1-TC1G4	3.93	0.02	-0.03	12.60
XZ	Wuhan	PL	qPLA5.2	XA5	0.01	GM1577-ARS141	3.32	0.09	0.07	1.25
			qPLA9.2a	XA9	16.41	EM87-ARS768	3.41	0.11	0.02	4.09
			qPLA9.2b	XA9	22.41	AGGS1925-AGGS2572	3.78	0.11	0.01	5.10
			qPLA9.2c	XA9	39.41	ARS205-TC1D2	3.83	0.11	-0.04	7.79
		PW	qPWA5.2	XA5	0.01	GM1577-ARS141	3.90	0.05	0.01	4.48
			qPWA8.2	XA8	93.81	AGGS2186-TC9F10	4.21	0.05	-0.02	8.78
			qPWA9.2a	XA9	16.41	EM87-ARS768	3.44	0.05	0	5.35
			qPWA9.2b	XA9	22.51	AGGS1925-AGGS2572	3.75	0.05	-0.01	6.79
		SL	qSLA5.2	XA5	0.01	GM1577-ARS141	2.60	0.05	0.01	3.03
			qSLA6.2	XA6	13.41	GC47-ARS816	3.19	-0.06	0	4.87
		SW	qSWA6.2	XA6	13.41	GC47-ARS816	3.71	-0.03	-0.01	3.77
			qSWA8.2a	XA8	78.11	ARS120-AGGS2186	3.67	0.03	0	6.44
			qSWA82b	XA8	91.81	AGGS2186-TC9F10	3.97	0.03	-0.01	9.76
ZI	Wuhan	PL	qPLB9.3	ZB9	16.91	AHGS1969-AHGS2325	2.6	0.139	-0.17	11.23
		PW	qPWA5.3	ZA5	76.01	AHGS1245-TC2D8	2.7	0.063	-0.061	18.70
			qPWB3.3	ZB3	25.91	pPGPseq3F5-AHGS1298	2.6	-0.002	0.097	2.11
		SL	qSLA3.3	ZA3	52.31	gi4925-AHGS1338	2.6	0.059	-0.056	10.48
			qSLB2.3	ZB2	0.01	AHGS1419-AGGS185	2.8	0.037	-0.097	9.86
			qSLB3.3	ZB3	137.01	IPAHM103-1-GM2009	2.7	-0.051	0.083	10.41
		SW	qSWA2.3a	ZA2	5.81	AGGS12-AHGS1354	3.3	0.014	-0.051	8.55
			qSWA2.3b	ZA2	26.91	pPGSseq11G3-ARS741	3.6	-0.011	-0.065	6.39
			qSWA3.3	ZA3	7.01	AHGS2058-pPGSseq9H8	2.6	0.028	-0.036	12.20
			qSWA7.3	ZA7	83.51	AHGS2094-HAS0969-1	2.7	-0.028	0.033	11.62

LG: linkage group; PL: length of pod; PW: width of pod; SL: length of seed; SW: width of seed; A: additive effect; D: dominance effect.

表6 3个F₂群体检中测到的QTL Table 6 QTL for the agronomic traits in three F₂ populations

在与荚果长相关的QTL中, 以FI群体检测到4个QTL, 分别位于A05和A07两条染色体上, 贡献率为5.7%~26.1%。以XZ群体也检测到4个QTL, 分别位于A05和A09两条染色体上, 贡献率为4.1%~ 7.8%。以ZI群体检测到1个QTL, 位于B09染色体上, 贡献率为11.2% (表6)。将检测到的QTL区段与本研究整合的连锁图比较发现, 通过FI群体检测到的位于A5染色体上的3个QTL (qPLA5.1a、qPLA5.1b、qPLA5.1c)区段及通过XZ群体检测到的同样位于A5染色体上的QTL (qPLA5.2)区段出现在整合图谱A05染色体上, 以XZ群体检测到的位于A9染色体上的3个QTL (qPLA9.2a、qPLA9.2b、qPLA9.2c)区段出现在整合图谱A09染色体上, 以FI群体检测到的位于A07染色体上的QTL (qPLA7.1)区段和以ZI群体检测到的位于B09染色体上QTL (qPLB9.3)区段在整合图谱相对应的染色体上也都能出现。

在荚果宽方面, FI、XZ和ZI 3个群体中分别检测到6个、4个和2个相关的QTL, 贡献率分别为7.42%~16.14%、4.48%~8.78%和2.10%~18.70% (表6), 各群体中检测到的位于各染色体上的QTL在整合图谱中都能出现。与此类似, 3个群体中分别检测到与种子长相关的QTL 4个、2个和3个, 贡献率分别为5.66%~20.80%、3.03%~4.87%和9.86%~10.48%; 与种子宽相关的QTL 4个、3个和4个, 贡献率分别为7.42%~12.6%、3.77%~9.76%和6.39%~12.20% (表6)。各群体中检测到的位于各染色体上的QTL在整合图谱中都能出现。

不同性状的QTL存在置信区间重叠现象, 如FI群体中检测到的位于A05染色体上与荚果长相关的QTL (qPLA5.1a、qPLA5.1b、qPLA5.1c)和与种子长相关的QTL (qSLA5.1a、qSLA5.1b、qSLA5.1c)在相同区段。用XZ群体在区段GM1577~ARS141内检测到了与荚果长、荚果宽和种子长相关的QTL (qPLA5.3、qPWA5.3、qSLA5.3)(表6)。XZ群体A09染色体上的区间EM87~ARS768和区间AGGS1925~ AGGS2572内都存在与荚果长和荚果宽相关的QTL。如区间EM87~ARS768内存在控制荚果长的QTL (qPLA9.2a)和控制荚果宽的QTL (qPWA9.2a) (表6)。这些重叠的QTL在整合图谱中也存在重叠现象, 这可能与不同性状之间存在相关性有关。

3 讨论

随着分子标记开发技术的发展, 国内外都开展了关于花生抗病、抗逆、产量和品质性状QTL的研究, 以期将其应用于花生分子标记辅助选择育种。而遗传图谱是研究QTL定位乃至基因克隆的基础。Varshney等^[12]利用TAG24与GPBD4杂交得到含有266个RIL的群体构建了一张含有188个SSR标记的栽培种花生遗传连锁图。Wang等^[13]利用栽培种花生Tifrunner× GT-C20杂交F₂代群体构建了覆盖1674.4 cM、含有318个标记位点及21个连锁群的遗传图。随着更多SSR标记的开发, 更多的基于SSR标记的遗传图谱被构建^{[4, 14, 15, 16]}。但是, 总体看来, 花生的遗传图谱还很不完善, 目前利用单个遗传群体通过SSR标记构建的密度达500个以上标记的图谱很少, 因此, 有必要通过多个遗传群体整合高密度的遗传连锁图。本研究利用3个F₂群体构建的3张遗传图谱的密度分别为347、228和470个标记, 通过3张图谱的整合, 得到了一张包含792个SSR位点的遗传连锁图。由此可见, 图谱整合能够有效增加图谱密度, 为重要性状的精细定位奠定了基础。Shirasawa等(2012)以11个栽培种花生分离群体为基础, 整合了一张包含897个SSR标记的连锁图。可见本研究所涉及群体的差异比Shirasawa等(2012)所涉及群体的差异大, 在整合图谱方面的效率较高。Shirasawa等(2013)又增加了2个栽培种花生群体和3个野生花生群体共16个群体构建了目前密度最高的遗传图谱, 包含3693个标记位点, 其中, 绝大部分位点来源于野生花生群体。虽然本研究整合图谱密度没有Shirasawa等(2013)整合图谱高, 但有410个标记位点是Shirasawa等(2013)整合图谱中没有的。这410个标记位点在本研究整合图谱连锁群上的分布相对比较均匀, 其中有85个标记位点是本实验室新开发的(新引物的信息将近期另文发表)。本研究构建的遗传图谱上的标记与Shirasawa等(2013)整合图谱标记差异的原因, 可能是不同群体的遗传背景不一样, 所筛选到的差异性引物也就不同, 进而构建遗传图谱的标记也是有差异的。另外, 还有新开发的标记在Shirasawa等(2013)整合图谱中没有使用。本研究整合图谱中的绝大多数标记的顺序与Shirasawa等(2013)整合图谱的顺序一致。因此, 本研究整合的图谱为今后整合更高密度的连锁图奠定了基础。

整合图谱包含了不同群体的基因组信息, 为不同群体性状的基因或QTL相互比较提供了可能性。如以FI群体在A05染色体上检测到的与荚果宽相关

的QTL (qPWA5.1a, 相邻标记为AHGS1904-2~ AHGS1341)和以XZ群体在A05染色体上检测到的与荚果宽相关的QTL (qPWA5.2, 紧密连锁的标记为GM1577)在整合图谱上均出现了, 但他们位于不同的标记区间, 因此, 有可能是不同的QTL。从另一方面看, 单个群体定位结果与整合图谱相比较, 整合图谱位点区间内包含有更多的分子标记。如在FI群体A09连锁群上与种子长相关的位点AHGS1341~ pPGPseq9A7, 在整合图谱中发现此标记区间AHGS1341~pPGPseq9A7还存在另外的6个标记, 今后可以利用这些标记, 进一步将QTL的定位区间缩短。

4 结论

利用3个F₂群体, 通过JoinMap 3.0软件, 整合得到一张包含20个连锁群、792个位点、总遗传距离为2079.5 cM、标记间平均距离为2.63 cM的栽培种花生遗传连锁图。

The authors have declared that no competing interests exist.

作者已声明无竞争性利益关系。The authors have declared that no competing interests exist.

参考文献

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2009

0.0

洪彦彬, 梁炫强, 陈小平, 刘海燕, 周桂元, 李少雄, 温世杰. 花生栽培种SSR遗传图谱的构建. 作物学报, 2009, 35: 395-402

Hong Y

, Liang X

, Chen X

, Liu H

, Zhou G

, Li S

, Wen S

Construction of genetic linkage map in peanut (Arachis hypogaea L. ) cultivars.

Acta Agron Sin, 2009, 35: 395-402 (in Chinese with English abstract)

Molecular genetic map is a fundamental organizational tool for genomic research. However, a comprehensive genetic linkage map for peanut cultivars has not yet been developed due to extremely low levels of DNA polymorphisms in cultivated peanut. In this study, 184 recombinant inbred lines (RIL), derived from a cross between two Spanish type peanut cultivars (Yueyou 13 × Fu95-5), were used as mapping population. A total of 652 pairs of genomic-SSR primers and 392 pairs of EST-SSR primers were used to detect the polymorphisms between the parental cultivars. Of them, 121 SSR primer pairs amplified 123 segregating loci and were selected to analyze the RIL population. A genetic linkage map consisting of 108 SSR loci (102 genomic-SSR and 6 EST-SSR) in 20 linkage groups and covers 568 cM with an average distance of 6.45 cM of intermaker was constructed. By comparing the SSR genetic map of Arachis ( A. duranensis × A. stenosperm a ) with AA genome, 11 linkage groups in the linkage map constructed in this study were confirmed to have homology with 6 linkage groups of wild peanut species .

花生栽培种品种间分子多态性相对缺乏 , 至今未构建出较完整的分子遗传图谱。本研究以粤油 13 和阜 95-5 为亲本 , 通过杂交构建包含 184 个 F6 重组自交系的遗传作图群体。采用 652 对 genomic-SSR 引物和 392 对 EST-SSR 引物对亲本进行多态性检测 , 从中筛选出 121 对多态性引物 , 在亲本中共检测到 123 个多态性位点。利用作图群体对多态性 SSR 位点进行遗传连锁分析 , 获得包含 108 个 SSR 标记 (102 个 genomic-SSR 标记和 6 个 EST-SSR 标记 ), 涉及 20 个连锁群 , 总长 568 cM, 平均图距为 6.45 cM 的花生栽培种遗传图谱。与前人构建的花生野生种 ( A. duranensis × A. stenosperm a , AA genome)SSR 遗传图谱比较 , 初步确定本研究构建的遗传图谱中有 11 个连锁群与野生种遗传图谱的 6 个连锁群存在同源关系。

... 栽培种花生是异源四倍体(AABB, 2n = 4x = 40), 其基因组比较大, 遗传多样性缺乏^[1], 有关花生遗传图谱构建、基因定位和重要性状QTL的研究分析相对滞后 ...

... 洪彦彬等^[1]以粤油13#cod#x000D7 ...

2007

0.0

姜慧芳, 陈本银, 任小平, 廖伯寿, 雷永, 傅廷栋, 马朝芝, Mace

, Crouch J

利用重组近交系群体检测花生青枯病抗性SSR标记. 中国油料作物学报, 2007, 29: 26-30

Jiang H

, Chen B

, Ren X

, Liao B

, Lei

, Fu T

, Ma C

, Mace

, Crouch J

Identification of SSR markers linked to bacterial wilt resistance of peanut with RILs.

Chin J Oil Crop Sci, 2007, 29: 26-30 (in Chinese with English abstract)

用抗青枯病花生品种远杂 9102与感病品种Chico杂交,从F2起用单粒传法构建了花生重组近交系群体(RIL)F6和F7。采用354对SSR引物对重组近交系F6群体的基因组DNA鉴定,获得多态性标记45个。结合重组近交系群体F6和F7青枯病抗性鉴定结果,应用相关软件统计分析,构建了栽培种花生部分遗传连锁图。图谱总长度为603.9cM,含29个标记(28个SSR标记和1个表型标记)的8个连锁群,还有17个独立的SSR标记;获得了与青枯病抗性相关的SSR标记2个(7G02和PM137),位于该图谱的第1连锁群上,与青枯病抗性基因间的遗传距离为10.9cM和13.8cM,并且位于抗性基因的两侧,两标记间的距离为23.7cM。

... 姜慧芳等^[2]利用重组近交系群体检测花生青枯病抗性SSR标记, 获得一张包含8个连锁群的栽培花生部分遗传图谱, 总长603 ...

2010

0.0

彭文舫, 姜慧芳, 任小平, 吕建伟, 赵新燕, 黄莉. 花生AFLP遗传图谱构建及青枯病抗性QTL分析. 华北农学报, 2010, 25: 81-86

Peng W

, Jiang H

, Ren X

, Lü J

, Zhao X

, Huang

Construction of AFLP genetic linkage map and detection of QTLs for bacterial Wilt résistance in peanut (Arachis hypogaea L. ).

Acta Agric Boreali Sin, 2010, 25(6): 81-86 (in Chinese with English abstract)

Eighty—two recombinant lines(RILs)derived from the cross between peanut genotypes Yuanza9 1 02 and Chico were employed as genetic linkage mapping population.324 segregating loci were amplifide by 66 AFLP polymorphic primer pairs.Based on the AFLP data.a linkage map of cultivated peanut was constructed using JoinMap3.0 software, which consisted of 98 AFLP markers involvde in 20 linkage groups and covered a total of 285 cM of the genome with an average interval distance of2.90 cM.Combined with the result of bacterial wilt resistance(BW。)evaluated, 3 QTLs(qBW’I, qBW2, qBWr3)for peanut BW。were detected using QTLNetwork2.0 software.qBIVl andqBIV2 were located in group4 while qBW'3 in group 14.These 3 QTLs formed 2 QTL combinations(qBW'I/qBW'3&qBW'2/qBW73)with additive by additive epistasis effects which contributed to qBIV with 12.81%and 16.56%respectively, and explained 21.62%of the total phonotypic variance for BW’.

青枯病抗性分子标记能为花生抗青枯病育种提供辅助选择技术,以抗青枯病品种远杂9102与感病品种Chico杂交构建的重组自交系群体(RIL)为材料,用66对具多态性的引物(EcoR I/MseI引物组合35对,MluI/MseI引物组合14对,P s tI/MseI引物组合17对)对其进行扩增,共检测到324个多态性位点。应用JoinMap(3.0软件对这些多态性位点进行遗传连锁分析,构建了一张栽培种花生的AFLP遗传连锁图。该图谱包含98个AFLP标记,涉及20个连锁群,覆盖总距离285 cM,标记间平均图距为2.90 cM。结合RIL群体的青枯病抗性鉴定结果,利用分析软件QTLNetwork(2.0共检测到与青枯病抗性相关的3个QTL(qBWr1、qBWr2和qBWr3)。其中,qBWr1和qBWr2均位于第4连锁群,qBWr3位于第14连锁群。这3个QTL形成2对具有加性×加性上位性互作效应的QTL区段(qBWr1/qBWr3和qBWr2/qBWr3),贡献率分别为12.81%和16.56%,共解释青枯病抗性总变异的21.62%。

... 彭文舫等^[3]利用远杂9102和Chico杂交构建重组自交系群体, 构建了一张包含98个AFLP标记、总长为285 cM的栽培种花生AFLP遗传连锁图谱 ...

2012

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... Qin等^[4]对2个RIL群体的遗传图谱进行整合, 得到了一张包含21个连锁群, 324个标记, 总遗传距离为1352 ...

... 随着更多SSR标记的开发, 更多的基于SSR标记的遗传图谱被构建^[4,14,15,16] ...

2009

0.0

... Gautami等^[5]以3个RIL群体及3215个SSR标记, 构建了一张包含293个SSR位点、涉及20个连锁群, 全长2840 ...

2010

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张新友. 栽培花生产量、品质和抗病性的遗传分析与QTL定位研究. 浙江大学博士学位论文, 浙江杭州, 2010

Zhang X

Inheritance of Main Traits Related to Yield, Quality and Disease Resistance and Their QTLs Mapping in Peanut (Arachis hypogaea L. ). PhD Dissertation of Zhejiang University, Hangzhou,

China, 2010 (in Chinese with English abstract)

花生是重要的油料作物和经济作物。我国是世界上主要的花生生产、消费和出口国。因而,开展花生产量、品质、抗病性等重要性状的遗传分析、遗传图谱的构建及QTL定位具有重要的理论意义和应用价值。产量、品质和抗病性都属于典型的复杂数量性状,传统的育种方法很难实现花生诸多性状的的同步提高。现代遗传学和分子生物学的发展可将控制复杂性状的多个因子分解成简单的孟德尔遗传因子进行研究,实现对复杂数量性状的操控,实现产量、品质和抗病性等诸多性状的分子标记辅助选择和改良。本研究以多个花生重组近交系群体和F2群体为材料,采用以PCR为基础的分子标记技术,构建了花生分子遗传图谱,并结合多年份多环境的农艺性状的调查结果对花生产量、品质和抗病性等性状进行QTL定位和遗传效应研究,主要研究结果如下： 1、构建了栽培花生品种间杂交后代的重组自交系群体(郑8903×豫花4号)。对该群体产量、品质和抗病性相关的20个性状的调查表明,该群体除抗网斑病性状外,其余性状在群体中均符合正态分布,达到群体构建的预期目标,适合于进行数量性状的遗传和QTL定位等研究。 2、以本实验室构建的重组自交系群体为研究对象,对其进行多年份的重复试验,采用P1、P2及RIL家系联合分析方法对花生的产量及其相关性状、品质性状和抗病性进行主基因+多基因遗传模型分析,结果表明：主茎高、结果枝数、单株饱果数、出仁率符合3对主基因遗传模型；百果重、百仁重符合2对主基因加多基因遗传模型；蛋白质含量的遗传符合无主基因遗传模型；脂肪含量的遗传符合2对主基因加多基因遗传模型；油酸(18：1Δ9c)、亚油酸 (18：2Δ9c,12c)和棕榈酸(16：0)的遗传符合2对主基因遗传模型；硬脂酸(18：0)和花生酸(20：0)的遗传符合2对主基因加多基因遗传模型；油亚比和山嵛酸(22：0)的遗传符合3对主基因遗传模型；网斑病抗性符合3对主基因加多基因遗传模型。遗传率分析结果表明,油酸、亚油酸、油亚比和棕榈酸的主基因遗传率均在60%以上,网斑病抗性的主基因遗传率在80%以上,属干主基因控制的遗传性状。 3、以重组自交系群体(郑8903×豫花4号)构建的框架图为基础,结合“郑9001×郑8903”、“白籽x豫花4号”、“开农白2号×豫花4号”等三个作图群体,以共有标记作为桥梁,构建了包含17个连锁群,共有101个标记的栽培花生复合遗传图谱,总图距为953.88 cM。 4、使用WinQTLCart 2.5和QTLNetwork 2.0两种分析软件进行QTL的检测,获得与形态、产量、品质(脂肪、蛋白、脂肪酸)、网斑病抗性相关的加性QTL位点62个筛选出与18个性状QTL位点紧密连锁(遗传距离小于3 cM)的SSR标记22个,向分子标记辅助选择育种技术的建立迈出了坚实的一步。

... 张新友^[6]以郑8903#cod#x000D7 ...

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... Varshney等^[12]利用TAG24与GPBD4杂交得到含有266个RIL的群体构建了一张含有188个SSR标记的栽培种花生遗传连锁图 ...

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... Wang等^[13]利用栽培种花生Tifrunner#cod#x000D7 ...

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... 随着更多SSR标记的开发, 更多的基于SSR标记的遗传图谱被构建^[4,14,15,16] ...

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... 将所构建的3张遗传连锁图分别与Shirasawa等^[15]根据16个群体整合的栽培种(目前标记密度最高的栽培种花生)遗传图谱比较, 发现LGF1~LGF22能对应到Shirasawa (2013)整合图的A1~A10和B1~ B10, LGX5~LGX22能对应到Shirasawa整合图的A1~A10和B2~B6、B9~B10, LGZ1~LGZ20能对应到Shirasawa整合图的A1~A10和B1-B10 ...

... 随着更多SSR标记的开发, 更多的基于SSR标记的遗传图谱被构建^[4,14,15,16] ...

2012

0.0

... 随着更多SSR标记的开发, 更多的基于SSR标记的遗传图谱被构建^[4,14,15,16] ...

2004

0.0

2008

0.0

2012

0.0

张新友, 韩锁义, 徐静, 严玫, 刘华, 汤丰收, 董文召, 黄冰艳. 花生主要品质性状的QTLs定位分析. 中国油料作物学报, 2012, 34: 311-315

Zhang X

, Han S

, Xu

, Yan

, Liu

, Tang F

, Dong W

, Huang B

Identification of QTLs for important quality traits in cultivated peanut (Arachis hypogaea L. ).

Chin J Oil Crop Sci, 2012, 34: 311-315 (in Chinese with English abstract)

以郑8903×豫花4号的 215个重组自交系群体(RILs)为材料,采用2008年原阳种植材料(F8)的品质检测数据,运用WinQTLCart 2.5软件进行与花生蛋白质、脂肪及脂肪酸含量相关的QTLs定位分析。研究结果显示,检测到2个与蛋白质含量相关的QTLs,遗传贡献率分别为 4.82%和9.66%;2个与脂肪含量相关的QTLs,遗传贡献率分别为5.25%和8.24%。与油酸、亚油酸、硬脂酸和山嵛酸含量相关的QTL各检测到1个,遗传贡献率分别为5.13%、8.28%、24.14%和7.88%;2个与花生酸含量相关的QTLs,遗传贡献率分别为7.12%和 18.32%。

2010

0.0

王强, 张新友, 汤丰收, 董文召, 徐静. 基于SRAP分子标记的栽培种花生遗传连锁图谱构建. 中国油料作物学报, 2010, 32: 374-378

Wang

, Zhang X

, Tang F S. Dong W Z, Xu

Construction of genetic linkage map of peanut (Arachis hypogaea L. ) based on SRAP markers.

Chin J Oil Crop Sci, 2010, 32: 374-378 (in Chinese with English abstract)

摘　要：采用新型分子标记SRAP（sequence-related amplified polymorphism）技术,以杂交组合（豫花4号×郑8903）的F2群体为材料构建花生栽培种的分子遗传连锁图谱。采用238对SRAP引物对豫花4号和郑8903进行多态性筛选,结果表明用SRAP引物能充分反映两亲本之间的多态性,每个引物组合可产生10~30个左右清晰可辨的条带。筛选多态性较好的78对引物对其F2群体进行分析,共得到287条多态性条带,每对引物组合产生的多态性条带从1~9条不等,平均产生3.68个多态性条带。采用 Mapmaker/EXP3.0软件对产生的287个标记位点构建连锁群（LOD≥3.0）,共223个标记位点进入到22个连锁群中,总长2 129.4cM,标记间平均间距为9.55cM。标记在整个连锁群中分布相对比较均匀,这是目前首张基于SRAP分子标记建立的花生栽培种遗传连锁图谱。

2006

0.0

巩鹏涛, 木金贵, 赵金荣, 王晓玲, 白羊年, 方宣钧. 一张含有315个SSR和40个AFLP标记的大豆分子遗传图的整合. 分子植物育种, 2006, 4: 309-316

Gong P

, Mu J

, Zhao J

, Wang X

, Bai Y

, Fang X

An integrated soybean genetic linkage map comprising 315 SSRs and 40 AFLPs.

Mol Plant Breed, 2006, 4: 309-316 (in Chinese with English abstract)

本研究是基于"锚定SSR标记"作图策略,利用2个F2群体,选用592对SSR引物,对宛煜嵩等利用重组自交系群体Jinf构建的含有227个SSR标记的图谱的基础上进行整合.整合后的大豆分子遗传图包含315个SSR标记和40个AFLP标记,总图距为1 951.7cM,相邻标记间的平均图距为5.48cM.整合后的遗传连锁图归属20个连锁群对应于大豆20条染色体,连锁群长度范围从40.8cM到184.4cM,标记数范围从¨到41个.整合后的图谱新增加了87个SSR标记,其中A2、C1、C2、D1b和G连锁群有较多的标记增加.整合后的大豆分子遗传图谱中的标记顺序比原图谱与"公共图谱"有更好的线性符合度.本文还进一步对两种类型的作图群体的配合和不同作图软件的选用等问题进行了比较和深入的讨论.

2003

0.0

2011

0.0

刘华. 栽培花生产量和品质相关性状遗传分析与QTL定位研究. 河南农业大学硕士学位论文, 河南郑州, 2011

Liu

Inheritance of Main Traits Related to Yield and Quality, and Their QTL Mapping in Peanut (Arachis hypogaea L. ). PhD Disseratation of Henan Agricultural University, Zhengzhou,

China, 2011 (in Chinese with English abstract)

花生是世界上重要的经济作物和油料作物之一。栽培种花生是异源四倍体(AABB,2n=4x=40),染色体较小,基因组结构复杂,且遗传研究开展较晚。花生农艺性状和品质性状多表现为复杂的数量性状,相关研究进展缓慢。近年来,数量性状分析理论和分子水平研究的快速发展,为探索重要性状的遗传规律、开展QTL定位研究奠定了坚实基础。本研究以农艺性状和品质性状等存在显著差异的花生品系郑9001和郑8903为亲本,通过杂交和F2单粒传法(SSD)构建了包含160个家系的重组自交系(RIL)群体;利用SSR分子标记技术结合该群体进行了栽培种花生遗传连锁图谱的构建;运用数量性状主基因加多基因混合遗传模型对该群体的农艺性状和品质性状进行了多世代联合遗传分析;应用已构建的遗传连锁图谱对各重要性状进行了QTL定位研究,取得的主要结果如下: 1.栽培种花生重要农艺性状和品质性状的遗传分析,利用海南三亚(EⅠ)和河南原阳(EⅡ)两种环境条件下的田间试验数据,采用数量性状主基因加多基因混合遗传模型分析方法,开展了花生RIL群体的重要农艺和品质性状遗传分析,结果表明:在海南三亚条件下,主茎高、侧枝长和单株饱果数等3个性状遗传规律符合多基因遗传模型(C);总分枝数、结果枝数、百果重、百仁重、出仁率、蛋白质、脂肪、油亚比等8个性状遗传规律符合2对主基因加多基因遗传模型(E); 单株果重、油酸和亚油酸等3个性状遗传规律符合3对主基因遗传模型(F)。在河南原阳条件下,主茎高、侧枝长、百仁重、蛋白质和脂肪等5个性状遗传规律符合多基因遗传模型(C);总分枝数、单株饱果数、百果重、出仁率、油酸、亚油酸和油亚比等7个性状遗传规律符合2对主基因加多基因遗传模型(E);结果枝数符合1对主基因遗传模型(A);单株果重符合3对主基因遗传模型(F)。两种环境条件下的遗传参数综合估算结果表明:主茎高、侧枝长、单株饱果数和蛋白质等4个性状遗传主要受多基因控制,总分枝数、结果枝数、百果重、百仁重、出仁率、单株果重、脂肪、油酸、亚油酸和油亚比等10个性状遗传受主基因加多基因控制。 2.栽培种花生遗传连锁图谱的构建,以花生品系郑9001和郑8903构建的包含160个家系的RIL群体为作图群体,采用1556对SSR引物对亲本进行多态性筛选,其中114对引物表现出多态性,运用多态性引物对群体进行研究,采用Jionmap3.0软件进行分析,构建出一张栽培种花生SSR遗传连锁图谱。该图谱包含73对标记、共16条连锁群、全长448.28厘摩,最大标记间距为27.72厘摩。 3.重要农艺性状和品质性状QTL定位研究,利用SSR遗传连锁图谱结合亲本和群体在两种环境下主茎高、侧枝长、总分枝数、结果枝数、单株饱果数、百果重、百仁重、出仁率和单株果重等9个农艺性状和蛋白质、脂肪、油酸、亚油酸和油亚比等5个品质性状指标,用两种不同的分析模型进行QTL定位研究。采用 WinQTLCart2.5软件CIM作图法,针对单个独立环境下各性状进行QTL检测,在海南三亚条件下检测到24个QTLs与10个性状指标相关、单个QTL的贡献率介于5.61%~17.98%,没有检测到与百果重、百仁重、蛋白质和脂肪等4个性状相关的位点;在河南原阳条件下检测到12个性状的 43个QTLs ,单个QTL的贡献率介于5.03%~31.65%,没有检测到与百仁重和出仁率等2个性状相关的位点。运用基于混合线性模型的 QTLNetwork2.0软件,对两个环境下花生重要农艺和品质相关的14个性状进行QTL定位分析,共检测到23个加性QTLs和11对互作 QTLs,分布在Lg1、Lg2、Lg3、Lg5、Lg6、Lg7、Lg12、Lg13、Lg15和Lg16上,没有检测到与百仁重有关的QTL。分别对独立环境条件下QTL定位研究表明,与主茎高、侧枝长、油酸、亚油酸和油亚比等5个性状相关的9个QTLs稳定表达,其所在连锁群的位置亦相同。不同 QTL分析方法检测结果表明:能在相同的连锁群上检测到花生主茎高、侧枝长、总分枝数、结果枝数、油酸、亚油酸和油亚比等7个性状的QTL。

2013

0.0

李兰周. 利用SSR标记构建花生遗传图谱及农艺性状的QTL分析. 山东农业大学硕士学位论文, 山东泰安 2013

Li L

Construction of Genetic Linkage Map by SSR Markers and QTL Analysis of Agronomic Traits in Peanut (Arachis hypogaea L. ). MS Thesis of Shangdong Agricultural University, Tai’an,

China, 2013 (in Chinese with English abstract)

栽培种花生属于闭花授粉植物，缺乏外源基因的导入，DNA水平的多态性较低，且为异源四倍体（2n=4X=40），染色体数目多，结构特征复杂，产量相关性状的的遗传研究起步较晚，进展缓慢。近年来，数量性状分析理论和分子水平研究的快速发展，为探索重要产量相关性状的遗传规律、开展QTL定位研究奠定了基础，本研究以包含142个家系的F6-7重组自交系群体（79266×04D893）为材料，构建栽培种花生的遗传连锁图谱，并对叶片、植株、荚果和籽仁等相关的14个数量性状进行遗传模型分析和初步QTL定位，取得的主要结果如下： 1、重组自交系群体（RIL群体）的14个农艺性状的调查结果表明：除总分枝数性状外，其余性状均表现连续变异，近似呈正态分布，具备数量性状特征，适合于进行数量性状遗传分析和QTL定位研究。 2、以2011年和2012年条件下分别作为环境E1和E2，采用P1、P2及RIL群体三世代联合分析法对14个农艺性状进行主基因+多基因遗传模型分析，结果表明：E1环境条件下叶长、侧枝长、总分枝数、主茎高、单仁重、果壳厚度和果长的遗传符合三对主基因遗传模型；叶宽、单株果数、单果重、果宽和单株生产力的遗传符合两对主基因遗传模型。E2环境条件下叶长、单株果数、单仁重、果壳厚度和果长的遗传符合三对主基因遗传模型；单果重和单株产力的遗传符合两对主基因遗传模型，叶宽、侧枝长和果宽的遗传符合两对主基因+多基因遗传模型；主茎高和总分枝数的遗传符合三对主基因+多基因遗传模型。 3、利用软件Join Map4.0构建了一张包含18个连锁群、92个SSR标记位点的栽培种花生遗传连锁图谱，图谱全长516.7cM，标记间的平均距离是6.98cM。 4、使用QTL Icimapping和QTL Networkk2.0两种分析软件进行QTL检测，分别获得与调查农艺性状相关的QTL有50和49个。（1）利用QTL Icimapping软件分析，2011年试验检测到与13个性状相关QTL位点28个，单个QTL位点的贡献率介于6.63%-50.95%，没有检测到与果长相关的QTL位点；2012年检测到与12个性状相关的QTL位点22个，单个QTL位点的贡献率介于6.76%-63.10%，没有检测到与单果重和单仁重相关的QTL位点。两年共获得与QTL遗传距离小于3cM的SSR标记有32个。（2）利用QTL Network2.0软件共检测到QTL位点49个，其中30个位点表现为加性效应，2个位点表现为加性环境互作效应，8对QTL位点表现为上位性互作效应，1对QTL表现为加性+上位性互作效应。获得QTL的加性遗传率为2.24%-23.33%，上位性遗传率2.51%-12.82%。（3）通过软件Join Map4.0连锁分析，获得2个与花生内种皮颜色和株型两个质量性状连锁的SSR标记，分别为标记ARS370和标记F19。该两个标记与控制基因间的遗传距离分别为6.1cM和15.8cM。

2007

0.0

2004

0.0

2014

0.0

朱亚娟, 张伯阳, 崔建民, 王晓林. 花生分子遗传图谱构建与QTL定位研究进展. 河南农业科学, 2014, 43(9): 1-5

Zhu Y

, Zhang B

, Cui J

, Wang X

Research advances in molecular genetic map construction and QTL mapping in peanut.

Henan Agric Sci, 2014, 43(9): 1-5 (in Chinese with English abstract)

近年来,随着分子标记技术及统计分析方法的迅速发展,许多作物已构建了较为饱和的分子遗传连锁图谱,利用这些图谱已定位了很多重要性状的QTL。综述了近年来花生分子遗传图谱构建以及重要性状的QTL定位研究进展,包括花生野生种、栽培种、栽培-野生种间分子遗传图谱的构建,以及抗病性、产量、品质、形态和生理等性状的QTL定位,并对今后的发展方向进行了展望。

2006

0.0

巩鹏涛. 基于SSR标记锚定策略的大豆分子连锁图的整合. 广西农业大学硕士学位论文, 广西南宁, 2006

Gong P

An Integrated Soybean Genetic Linkage Map Based on SSR Anchor Marker Strategies. MS Thesis of Guangxi Agricultural University, Nanning,

China, 2006 (in Chinese with English abstract)

本文对基于SSR标记锚定策略的大豆分子连锁图的整合进行了研究。文章基于“锚定 SSR标记”作图策略，利用2个F2群体，选用592对SSR引物，对宛煜嵩等利用重组自交系群体Jinf构建的含有227个SSR标记的图谱的基础上进行整合。整合后的遗传连锁图归属20个连锁群对应于大豆20条染色体，包含315个SSR标记和40个AFLP标记，总图距为1951.7cM，相邻标记的平均图距为5.48cM。包含标记最少的连锁群为B2的11个标记，最多的为G连锁群的41个标记，同时相邻标记间的图距为2.93cM；D1连锁群的遗传图距最短为40.8cM，A2的最长为184.4cM，并且8.38cM的相邻标记图距也是最大的。 ... 展开本文对基于SSR标记锚定策略的大豆分子连锁图的整合进行了研究。文章基于“锚定SSR标记”作图策略，利用2个F2群体，选用592对SSR引物，对宛煜嵩等利用重组自交系群体 Jinf构建的含有227个SSR标记的图谱的基础上进行整合。整合后的遗传连锁图归属20个连锁群对应于大豆20条染色体，包含315个SSR标记和 40个AFLP标记，总图距为1951.7cM，相邻标记的平均图距为5.48cM。包含标记最少的连锁群为B2的11个标记，最多的为G连锁群的41个标记，同时相邻标记间的图距为2.93cM；D1连锁群的遗传图距最短为40.8cM，A2的最长为184.4cM，并且8.38cM的相邻标记图距也是最大的。整合后的图谱新增加了87个SSR标记，其中有72个新的SSR标记是来源于03172群体，A2和G连锁群上的15个新的SSR标记是来源于03197 群体。A2、C1、C2、D1b和G连锁群有较多的标记增加。特别是原来标记数目较少的C1连锁群上，标记数目从7个增加到了25个；除F、H、K连锁群外其他连锁群也均有不同程度的增加。整合后的大豆分子遗传图谱中的标记顺序比原图谱与“公共图谱”有更好的线性符合度。本文还进一步对两种类型的作图群体的配合和不同作图软件的选用等问题进行了比较和深入的讨论。收起

2008

0.0

李楠. 黄瓜分子遗传图谱构建与整合. 甘肃农业大学硕士学位论文, 甘肃兰州, 2008

Construction and Integration of Molecular Genetic Map in Cucumber. MS Thesis of Gansu Agricultural University, Lanzhou,

China, 2008 (in Chinese with English abstract)

黄瓜是我国普遍栽培的主要蔬菜作物,开展黄瓜的分子育种研究具有重要的理论和应用意义。构建饱和通用的黄瓜遗传图谱是开展黄瓜分子育种研究的基础,它将为新品种选育工作和分子标记辅助育种提供准确快捷的工具。虽然黄瓜分子遗传图谱的构建已经取得了重要进展,但目前已经发表的连锁图谱来自不同的实验室,利用的作图群体和标记各不相同,构建的图谱多数是以F2为作图群体的临时图谱,并且图谱的饱和度不高,缺乏通用性和实用性。本试验采用基于“锚定SSR标记” 的作图策略,首先利用2个F2群体,选用940对SSR引物,分别构建了黄瓜抗白粉病和抗枯萎病分子遗传图谱,然后与原有的黄瓜抗病毒病遗传图谱进行整合,获得一张基于SSR标记的黄瓜遗传图谱。因此,整合后的黄瓜遗传图谱将在黄瓜基因组学和分子育种研究中具有很强的实用性。在完成图谱整合构建的同时, 对枯萎病、白粉病以及病毒病等重要的抗病性状进行基因定位。本试验取得如下主要结果: 1.图谱构建与整合 1.1利用WIS2757×19032的F2分离群体为作图群体构建了黄瓜抗白粉病遗传图谱:该遗传图谱由10个连锁组群组成,包含SSRs、AFLP、 SCARs等161个标记,其中SSRs标记为47个,覆盖基因组总长为824 cM,标记平均间隔5.1 cM。每个连锁群上的标记数在4~90之间,长度在43 cM~158 cM范围,图谱密度1.5 cM/标记(G1)~19 cM/标记(G9)。SSR标记均匀分布在10个连锁群,连锁群最少含有SSR标记2个,最多含有16个标记。 1.2利用WIS2757×津研2号的F2分离群体为作图群体构建了黄瓜抗枯萎病遗传图谱:该遗传图谱由9个连锁组群组成,包含SSRs、RAPDs、 AFLP、SCARs等164个标记,其中SSRs标记为41个,覆盖基因组总长为530 cM,标记平均间隔3.2 cM。每个连锁群上的标记数在5~85之间,长度在22 cM~196 cM范围,图谱密度1.2 cM/标记(G7)~8.6 cM/标记(G1)。图谱中两个标记间距小于10 cM的区域覆盖图谱长度30%。有15个间隙(gaps)大于15 cM,最大的间隙在连锁组G9(24.5 cM)。 1.3基于秋棚×欧洲八号重组自交系群体(RIL)的黄瓜抗病毒病遗传图谱的整合图谱:整合后的黄瓜遗传图由10个连锁组群组成,包含SSRs、 AFLP、SCARs等311个标记,其中SSR标记为35个,覆盖基因组总长为934 cM,标记平均间隔3.0 cM,连锁群长度范围从40 cM~158 cM,标记数范围从4~110个。整合后的图谱新增加了61个SSR标记,其中G3、G10连锁群有较多的标记增加。 2.抗病基因定位 2.1将黄瓜对ZYMV-CH、PRSV-W、WMV三种病毒的抗性基因定位在整合遗传图谱的G3连锁群上,并且簇聚在15cM的区间。本研究首次将黄瓜对ZYMV-CH、PRSV-W、WMV三种病毒的抗性基因同时在遗传图谱上定位,在分子水平上确认了三种病毒的簇聚性。 2.2将黄瓜对枯萎病的抗性基因pm定位在整合遗传图谱的G1连锁群上,白粉病的抗性基因Fw定位在整合遗传图谱的G10连锁群上,获得了紧密连锁分子标记。