适于陆地棉品种身份鉴定的SNP核心位点筛选与评价

朱国忠,张芳,付洁,李乐晨,牛二利,郭旺珍

Genome-wide Screening and Evaluation of SNP Core Loci for Identification of Upland Cotton Varieties

Guo-Zhong ZHU,Fang ZHANG,Jie FU,Le-Chen LI,Er-Li NIU,Wang-Zhen GUO

表4 芯片分型与SNP-PCR一致性分析

Table 4 Consistency analysis between array genotyping and SNP-PCR for the selected SNP loci

SNP 染色体 Chr. 位置 Position (bp) 验证不一致数目 Number of mismatches 引物 Primer (5'-3') TM3086 A01 86363489 1 F: CTTGATTTTCAATTCAACCAAAAAACTCCG R: AAAATACATGGACGCAACTATCTGATGCATAATTT TM4824 A02 45647806 0 F: TTGAATGAGTCTCATTTTATCAATTGACCTTTATTA R: TCATAAGGTAATTTGGCAAGTAATTTTGAAAAAGTC TM7830 A03 89740533 1 F: AAGCCTATATTTTGCCAACTTACCTTGTGCAG R: ATTAAGTTAAAAAGTGCCACATGTCACAAAACCAT TM9574 A04 51844539 0 F: GGCCCTAATCTTAGGCATAGTTTACCCCAAATAA R: CTTAGGGTAGACGGATGGAGGGATGAGA TM19508 A07 21138995 0 F: TGCGAGGGATTAAGTTTAGCTTGGAAAGC R: CCATTAGTTGACAATCTTCAAGAACCTTACGAAAA TM27528 A08 63064554 0 F: GCTCCCATAATTTTCTTTCACTTCGAGACG R: AAGAGAAAGGTGAAAATTTTAAGTACAAAAGGTTGA TM27748 A08 65768181 0 F: GGCTTTTACTGATTTACATTTTGAACAATGTTAAAG R: GGCTGAATGCTCCTTTACCTTATTTATGGGTT TM33913 A10 4141534 2 F: GCTCCCTTAAACCCGCAACCTTAGTCA R: AGAAAGTTGTTTCGGCTGGTATTTTGAGGTT TM53506 D03 2560865 0 F: ATATTTTCTTTTTCTTTTTTCGATAAGATAGAGCAA R: CCAAGGTTAGTTAACTAGAAAAACTGACCGAATCAA TM58088 D05 33818451 0 F: CTCGTATGTCACAAGACCATCAAAATTTAAATGAA R: TGTATCCCCATTTTGAACACCCACATG TM69807 D08 63425972 0 F: TTTGTCAATTCTTACCAATTATACCTTCCTACCAAG R: TATGTTTTGAAAATGCAACACCTATAGAAAAAGCAA TM72841 D09 47573336 0 F: CAGGAATCATTGGGGTTGGACAAGC R: TATGCTTGACTAAGGGATGCATTATCATACATTGTT TM75830 D11 13710651 0 F: CGCGTCGTAATCGAGTTTCACCGA R: GGTGTCCGGTCCGGTGTGCTTA TM80004 D13 163793 0 F: GTGGCCACTGAAGAGCAAGCTTAATGA R: ATGCATGTTCAAGCTTCTTGGTAATGTCATAATC