黄麻全基因组SSR鉴定与特征分析

姚嘉瑜,张立武,赵捷,徐益,祁建民,张列梅

Evaluation and characteristic analysis of SSRs from the whole genome of jute (Corchorus capsularis)

Jia-Yu YAO,Li-Wu ZHANG,Jie ZHAO,Yi XU,Jian-Min QI,Lie-Mei ZHANG

表1 黄麻SSR的分布特征

Table 1 Distribution features of SSR classes identified in jute

序列类型 Sequence type 大小 Size (Mb) GC含量 GC content (%) I类SSR Class I SSR II类SSR Class II SSR 总SSR Total SSR 数目 Number 密度 Density (SSR Mb-1) 数目 Number 密度 Density (SSR Mb-1) 数目 Number 密度 Density (SSR Mb-1) cDNA 41.20 57.79 1251 30.36 9496 230.49 10747 260.85 CDS 29.80 59.33 592 19.87 4862 163.15 5454 183.02 Gene 96.30 54.39 7865 81.67 28428 295.20 36293 376.87 Genome 330.00 54.03 38917 118.65 114325 348.55 153242 467.20