甘蔗栽培种单倍体基因组SSR位点的发掘与应用

王恒波,祁舒婷,陈姝琦,郭晋隆,阙友雄

Development and application of SSR loci in monoploid reference genome of sugarcane cultivar

Heng-Bo WANG,Shu-Ting QI,Shu-Qi CHEN,Jin-Long GUO,You-Xiong QUE

表2 甘蔗栽培种R570基因组上各类核苷酸重复基序分布特征信息

Table 2 Distribution of various nucleotide repeat motifs in the genome of sugarcane cultivar R570

重复次数 Repeat number 核苷酸重复基序 Nucleotide repeat motif 合计 Total Mono- Di- Tri- Tetra- Penta- Hexa- 3 2044 2104 4148 4 941 313 355 1609 5 3718 225 112 72 4127 6 1210 1342 78 26 18 2674 7 527 636 29 9 6 1207 8 305 281 10 7 5 608 9 199 168 9 4 3 383 10 6297 128 77 8 4 0 6514 11 1997 84 71 5 2 4 2163 12 891 57 38 8 3 2 999 13 496 45 17 6 3 2 569 14 262 49 11 2 3 0 327 15 182 39 17 2 0 0 240 >15 954 619 71 18 8 3 1673 合计Total 11079 3262 6447 1341 2538 2574 27241 优势重复次数 Dominant repeat number (%) 56.84 37.09 57.67 70.17 80.54 81.74 78.08 比例 Proportion (%) 40.67 11.97 23.67 4.92 9.32 9.45 100 平均重复次数 Mean repeat number 11.68 11.23 6.1 4.78 3.38 3.3 设计引物的位点数 Number of loci primer designed 11079 3262 6447 1122 1995 1815 比例 Proportion (%) 100 100 100 83.67 78.61 70.51