甘蔗栽培种单倍体基因组SSR位点的发掘与应用

王恒波,祁舒婷,陈姝琦,郭晋隆,阙友雄

Development and application of SSR loci in monoploid reference genome of sugarcane cultivar

Heng-Bo WANG,Shu-Ting QI,Shu-Qi CHEN,Jin-Long GUO,You-Xiong QUE

表3 5种禾本科植物中1~6核苷酸重复基序类型的SSR数量和相对丰度

Table 3 SSR number and relative abundance of 1-6 nucleotide repeat motif types in five Gramineae plants

物种 Species 项目 Item 甘蔗 S. spp. 高粱 S. bicolor 玉米 Z. mays 水稻 O. sativa 二穗短柄草 B. distachyon 单核苷酸 数量 Number 11079.00 14294.00 30700.00 15311.00 7991.00 Mono-nucleotide 相对丰度 Relative abundance 29.00 19.34 14.90 41.16 29.38 二核苷酸 数量 Number 3262.00 38090.00 64663.00 35315.00 9175.00 Di-nucleotide 相对丰度 Relative abundance 8.54 51.54 31.37 94.93 33.73 三核苷酸 数量 Number 6447.00 80299.00 185973.00 77566.00 37005.00 Tri-nucleotide 相对丰度 Relative abundance 16.88 108.66 90.23 208.51 136.05 四核苷酸 数量 Number 1341.00 47062.00 58806.00 26411.00 17428.00 Tetra-nucleotide 相对丰度 Relative abundance 3.51 63.68 28.53 71.00 64.07 五核苷酸 数量 Number 2538.00 16630.00 38408.00 17080.00 7972.00 Penta-nucleotide 相对丰度 Relative abundance 6.64 22.50 18.64 45.91 29.31 六核苷酸 数量 Number 2574.00 62227.00 119813.00 38940.00 18629.00 Hexa-nucleotide 相对丰度 Relative abundance 6.74 84.20 58.13 104.68 68.49 SSR 数量(丰度) SSR number (abundance) 27241.00 258602.00 498363.00 210623.00 98200.00 基因组大小 Genome size (Mb) 382.00 739.00 2061.00 372.00 272.00 总的相对丰度 Relative abundance 71.33 350.00 152.54 566.45 361.15 SSR频率SSR frequency (1 kb-1) 14.02 2.86 6.56 1.77 2.77