陆地棉种质资源抗旱性状的关联分析

韩贝, 王旭文, 李保奇, 余渝, 田琴, 杨细燕

Association analysis of drought tolerance traits of upland cotton accessions (Gossypium hirsutum L.)

HAN Bei, WANG Xu-Wen, LI Bao-Qi, YU Yu, TIAN Qin, YANG Xi-Yan

附表4 基因多样性与多态性信息含量

Table s4 Gene diversity and polymorphism information content

标记 Marker 染色体 Chromosome 位置 Position 基因多样性 Gene diversity 多态性信息含量 PIC NAU2083 A01 2780968 0.485 0.380 NAU2437a A01 117610973 0.413 0.353 NAU2437b A01 117610973 0.507 0.411 NAU2437c A01 117610973 0.505 0.409 NAU3911 A01 Unknown 0.452 0.362 NAU5163a A01 110126985 0.442 0.356 NAU5163b A01 110126985 0.399 0.329 NAU7195 A01 101362742 0.516 0.401 NAU2265a A02 107706133 0.515 0.408 NAU2265b A02 107706133 0.519 0.410 NAU437a A02 100427971 0.510 0.405 NAU437b A02 100427971 0.503 0.401 NAU5499a A02 2635809 0.485 0.380 NAU5499b A02 2635809 0.501 0.389 NAU1071b A03 106637739 0.517 0.401 NAU1167a A03 4391385 0.495 0.385 NAU1167b A03 4391385 0.355 0.301 NAU1167c A03 4391385 0.390 0.324 NAU1167d A03 4391385 0.485 0.380 NAU3016a A03 4006753 0.325 0.292 NAU3016b A03 4006753 0.495 0.407 NAU3016c A03 4006753 0.225 0.212 NAU3639a A03 23809975 0.529 0.419 NAU3639b A03 23809975 0.530 0.420 NAU483a A03 110023937 0.336 0.299 NAU483b A03 110023937 0.324 0.290 NAU6104 A03 1350357 0.154 0.146 BNL0530 A04 77214336 0.533 0.472 BNL3089a A04 1540330 0.305 0.266 BNL3089b A04 1540330 0.509 0.393 NAU7182 A04 83581454 0.171 0.162 NAU2701 A04 Unknown 0.080 0.079 BNL3452a A05 4448024 0.460 0.354 BNL3452b A05 4448024 0.301 0.255 CIR062a A05 22056200 0.443 0.349 CIR062b A05 22056200 0.458 0.357 DPL641a A05 2941652 0.434 0.354 DPL641b A05 2941652 0.434 0.354 DPL641c A05 2941652 0.170 0.161 DPL641d A05 2941652 0.089 0.087 JESPR065a A05 98149721 0.355 0.301 JESPR065b A05 98149721 0.287 0.253 JESPR065c A05 98149721 0.281 0.249 NAU1042a A05 15535848 0.514 0.395 NAU1042b A05 15535848 0.507 0.392 NAU1156a A05 21325479 0.529 0.419 NAU1156b A05 21325479 0.530 0.420 NAU2121a A05 105667071 0.483 0.379 NAU2121b A05 105667071 0.514 0.395 NAU2957 A05 34370549 0.271 0.234 NAU3036a A05 107748182 0.380 0.318 NAU3036b A05 107748182 0.487 0.381 NAU3529a A05 32011590 0.437 0.342 NAU3529b A05 32011590 0.392 0.315 NAU6094a A05 103382079 0.509 0.393 NAU6094b A05 103382079 0.503 0.389 NAU6966 A05 108024271 0.299 0.262 NAU797a A05 15535921 0.517 0.401 NAU797b A05 15535921 0.498 0.391 NAU934a A05 107002392 0.385 0.321 NAU934b A05 107002392 0.262 0.234 NAU1200a A05 67092496 0.535 0.426 NAU1200b A05 67092496 0.427 0.362 NAU4057a A05 105666831 0.449 0.360 NAU4057b A05 105666831 0.340 0.291 BNL3650a A06 116539321 0.489 0.435 BNL3650b A06 116539321 0.236 0.215 BNL3650c A06 116539321 0.493 0.438 CIR280 A06 6580622 0.448 0.373 NAU2679a A06 67697637 0.416 0.340 NAU2679b A06 67697637 0.350 0.298 NAU3206a A06 120517070 0.407 0.335 NAU3206b A06 120517070 0.416 0.340 NAU3427 A06 123792689 0.339 0.282 NAU7121a A06 7809936 0.168 0.155 NAU7121b A06 7809936 0.190 0.174 NAU874a A06 112365204 0.522 0.408 NAU874b A06 112365204 0.464 0.376 HAU1355a A06 8067852 0.506 0.391 HAU1355b A06 8067852 0.470 0.372 HAU1355c A06 8067852 0.228 0.208 NAU1043a A07 5574496 0.521 0.407 NAU1043b A07 5574496 0.519 0.406 NAU1043c A07 5574496 0.244 0.223 NAU1362a A07 21914654 0.380 0.318 NAU1362b A07 21914654 0.485 0.380 NAU1362c A07 21914654 0.514 0.395 NAU845a A07 9082964 0.464 0.369 NAU845b A07 9082964 0.467 0.370 NAU1085a A07 17517122 0.501 0.410 NAU1085b A07 17517122 0.538 0.431 BNL3257a A08 75471450 0.452 0.362 BNL3257b A08 75471450 0.467 0.370 BNL1231a A08 Unknown 0.505 0.391 BNL1231b A08 Unknown 0.480 0.377 NAU1369a A08 116120479 0.452 0.365 NAU1369b A08 116120479 0.464 0.372 NAU3201a A08 111954481 0.284 0.257 NAU3201b A08 111954481 0.155 0.149 NAU6761 A08 121988408 0.238 0.221 NAU5357a A08 117866133 0.163 0.155 NAU5357b A08 117866133 0.098 0.095 NAU5368a A08 117866202 0.467 0.370 NAU5368b A08 117866202 0.080 0.079 BNL3173a A09 81621533 0.355 0.301 BNL3173b A09 81621533 0.483 0.379 NAU2354a A09 81112818 0.305 0.266 NAU2354b A09 81112818 0.345 0.294 NAU2723 A09 81084858 0.435 0.352 NAU3052a A09 70893120 0.467 0.370 NAU3052b A09 70893120 0.380 0.318 NAU3414a A09 78743809 0.513 0.395 NAU3414b A09 78743809 0.511 0.394 NAU462 A09 77167956 0.509 0.393 NAU859a A09 53596735 0.500 0.438 NAU859b A09 53596735 0.425 0.383 BNL2960a A10 104965293 0.445 0.361 BNL2960b A10 104965293 0.434 0.354 HAU2147a A10 114051471 0.337 0.294 HAU2147b A10 114051471 0.513 0.403 NAU2317a A10 135887 0.455 0.364 NAU2317b A10 135887 0.513 0.395 STV031a A10 1605517 0.445 0.361 STV031b A10 1605517 0.414 0.342 BNL3442a A11 3977035 0.511 0.394 BNL3442b A11 3977035 0.514 0.395 BNL3442c A11 3977035 0.192 0.178 BNL3442d A11 3977035 0.501 0.389 BNL3594a A11 111669374 0.442 0.356 BNL3594b A11 111669374 0.329 0.283 BNL3594c A11 111669374 0.485 0.380 DPL209 A11 114819462 0.467 0.381 NAU1162a A11 18951558 0.552 0.455 NAU1162b A11 18951558 0.552 0.455 NAU2092a A11 Unknown 0.340 0.291 NAU2092b A11 Unknown 0.439 0.354 NAU2809 A11 107267539 0.228 0.208 NAU3390a A11 118809408 0.371 0.320 NAU3390b A11 118809408 0.371 0.320 NAU5428a A11 119324448 0.551 0.465 NAU5428b A11 119324448 0.485 0.422 NAU980a A11 198980 0.498 0.387 NAU980b A11 198980 0.464 0.369 BNL598a A12 102746569 0.257 0.234 BNL598b A12 102746569 0.131 0.126 HAU1434a A12 82661602 0.297 0.266 HAU1434b A12 82661602 0.315 0.280 NAU1274a A12 7099421 0.526 0.414 NAU1274b A12 7099421 0.526 0.414 NAU2671a A12 103306465 0.416 0.347 NAU2671b A12 103306465 0.484 0.387 NAU2672a A12 103304492 0.403 0.332 NAU2672b A12 103304492 0.424 0.345 NAU3519a A12 107358613 0.514 0.395 NAU3519b A12 107358613 0.487 0.381 NAU3778a A12 105172457 0.476 0.379 NAU3778b A12 105172457 0.473 0.377 NAU4047 A12 1483263 0.455 0.364 NAU3522a A12 106203559 0.508 0.392 NAU3522b A12 106203559 0.501 0.389 NAU3522c A12 106203559 0.323 0.279 BNL1421 A13 6131449 0.519 0.406 BNL2449a A13 33336622 0.473 0.373 BNL2449b A13 33336622 0.293 0.258 JESPR153a A13 82266861 0.422 0.347 JESPR153b A13 82266861 0.513 0.399 JESPR153c A13 82266861 0.229 0.210 JESPR153d A13 82266861 0.448 0.363 NAU1141a A13 76854166 0.130 0.125 NAU2285 A13 107420232 0.122 0.117 NAU3074a A13 Unknown 0.528 0.422 NAU3074b A13 Unknown 0.511 0.413 NAU3127 A13 13749598 0.242 0.218 NAU3468a A13 97160131 0.349 0.321 NAU3468b A13 97160131 0.516 0.443 NAU3653a A13 Unknown 0.475 0.375 NAU3653b A13 Unknown 0.509 0.393 NAU3653c A13 Unknown 0.491 0.383 NAU4045a A13 102679122 0.501 0.389 NAU4045b A13 102679122 0.416 0.340 NAU4045c A13 102679122 0.334 0.287 NAU3254a D01 61038247 0.506 0.395 NAU3254b D01 61038247 0.517 0.401 NAU3736a D01 55892989 0.501 0.389 NAU3736b D01 55892989 0.452 0.362 NAU3736c D01 55892989 0.513 0.395 CIR307a D01 55938566 0.573 0.486 CIR307b D01 55938566 0.463 0.412 CIR307c D01 55938566 0.567 0.482 NAU1103a D01 Unknown 0.517 0.401 NAU1103b D01 Unknown 0.516 0.400 NAU2165a D01 28520686 0.497 0.386 NAU2165b D01 28520686 0.478 0.376 NAU4073a D01 7592761 0.504 0.390 NAU4073b D01 7592761 0.199 0.184 NAU3820a D02 67522720 0.518 0.401 NAU3820b D02 67522720 0.508 0.396 CIR246a D02 1034633 0.558 0.470 CIR246b D02 1034633 0.553 0.467 HAU1741a D02 60791378 0.466 0.392 HAU1741b D02 60791378 0.473 0.397 NAU1070a D02 64372944 0.526 0.414 NAU1070b D02 64372944 0.523 0.412 NAU1070c D02 64372944 0.507 0.403 NAU2312 D02 64647855 0.478 0.380 NAU2336a D02 60791352 0.446 0.358 NAU2336b D02 60791352 0.439 0.354 NAU2960 D02 68847512 0.359 0.309 NAU3308a D02 20723795 0.416 0.340 NAU3308b D02 20723795 0.407 0.335 NAU5467 D02 4547261 0.501 0.389 NAU1190a D02 52287611 0.185 0.172 NAU1190b D02 52287611 0.242 0.218 NAU1190c D02 52287611 0.446 0.358 NAU1028a D03 4208117 0.350 0.305 NAU1028b D03 4208117 0.422 0.354 BNL2496a D03 49769485 0.507 0.392 BNL2496b D03 49769485 0.508 0.392 NAU2691a D03 51541076 0.480 0.377 NAU2691b D03 51541076 0.089 0.087 NAU2859a D03 739946 0.488 0.386 NAU2859b D03 739946 0.503 0.394 NAU5233a D03 48828576 0.470 0.379 NAU5233b D03 48828576 0.384 0.326 NAU5260a D03 49769436 0.521 0.415 NAU5260b D03 49769436 0.521 0.415 NAU3995a D03 48818033 0.490 0.387 NAU3995b D03 48818033 0.362 0.309 NAU3995c D03 48818033 0.401 0.334 NAU3995d D03 48818033 0.498 0.391 NAU2162 D04 52748794 0.402 0.343 NAU2477 D04 52748794 0.423 0.334 NAU5099 D04 14627857 0.511 0.402 NAU6109a D04 7989666 0.497 0.386 NAU6109b D04 7989666 0.505 0.391 BNL3875a D05 19969852 0.162 0.152 BNL3875b D05 19969852 0.513 0.395 BNL3875c D05 19969852 0.511 0.394 HAU1385a D05 25837076 0.515 0.400 HAU1385b D05 25837076 0.498 0.391 HAU139 D05 1145554 0.154 0.146 HAU1952a D05 17158169 0.346 0.304 HAU1952b D05 17158169 0.252 0.233 NAU1102a D05 57144706 0.491 0.383 NAU1102b D05 57144706 0.462 0.367 NAU1230a D05 14213471 0.539 0.432 NAU1230b D05 14213471 0.539 0.432 NAU1255a D05 14213543 0.513 0.395 NAU1255b D05 14213543 0.508 0.392 NAU2560a D05 3199535 0.478 0.376 NAU3092a D05 1831191 0.080 0.079 NAU3092b D05 1831191 0.106 0.102 NAU3095a D05 62407901 0.582 0.498 NAU3095b D05 62407901 0.583 0.499 NAU3110a D05 57144758 0.488 0.386 NAU3110b D05 57144758 0.502 0.393 NAU5005a D05 19969727 0.515 0.408 NAU5005b D05 19969727 0.526 0.414 NAU911a D05 23685867 0.248 0.224 NAU911b D05 23685867 0.114 0.110 NAU911c D05 23685867 0.146 0.139 HAU979 D05 17796138 0.192 0.178 JESPR181 D05 10325076 0.323 0.279 NAU2274a D05 28099825 0.503 0.389 NAU2274b D05 28099825 0.501 0.389 HAU1384 D05 25837176 0.518 0.402 NAU4907a D05 55447507 0.377 0.319 NAU4907b D05 55447507 0.396 0.331 DPL238a D06 4585891 0.489 0.382 DPL238b D06 4585891 0.489 0.382 HAU2022a D06 1765934 0.513 0.395 HAU2022b D06 1765934 0.512 0.394 NAU2119 D06 18678530 0.295 0.261 NAU3031a D06 65581273 0.123 0.119 NAU3031b D06 65581273 0.279 0.254 NAU3031c D06 65581273 0.317 0.283 NAU5463a D06 9334593 0.498 0.387 NAU5463b D06 9334593 0.192 0.178 BNL1122a D07 30098941 0.505 0.395 BNL1122b D07 30098941 0.452 0.365 BNL1395a D07 30098949 0.445 0.361 BNL1395b D07 30098949 0.414 0.342 HAU3101a D07 4785009 0.527 0.422 HAU3101b D07 4785009 0.527 0.422 NAU2078a D07 8939270 0.345 0.294 NAU2078b D07 8939270 0.452 0.362 NAU2152a D07 Unknown 0.334 0.278 NAU2152b D07 Unknown 0.318 0.267 NAU2680 D07 54609116 0.106 0.102 NAU2931a D07 7149495 0.478 0.380 NAU2931b D07 7149495 0.498 0.391 NAU2984a D07 3548571 0.287 0.253 NAU2984b D07 3548571 0.480 0.377 NAU3053a D07 3934539 0.293 0.258 NAU3053b D07 3934539 0.275 0.244 NAU3424a D07 56343210 0.318 0.295 NAU3424b D07 56343210 0.304 0.283 DPL176a D08 55897848 0.239 0.224 DPL176b D08 55897848 0.313 0.283 BNL1521a D08 56957004 0.513 0.395 BNL1521b D08 56957004 0.507 0.392 BNL3255a D08 Unknown 0.275 0.244 BNL3255b D08 Unknown 0.323 0.279 BNL3474a D08 44314753 0.146 0.139 BNL3474b D08 44314753 0.475 0.375 BNL3474c D08 44314753 0.475 0.375 BNL3474d D08 44314753 0.512 0.394 HAU1846a D08 52349862 0.256 0.231 HAU1846b D08 52349862 0.448 0.363 NAU1302 D08 59501957 0.293 0.258 NAU1350 D08 5881541 0.209 0.195 NAU478a D08 60563256 0.497 0.386 NAU478b D08 60563256 0.493 0.384 NAU478c D08 60563256 0.072 0.070 NAU5335a D08 35689851 0.410 0.339 NAU5335b D08 35689851 0.155 0.147 NAU1125a D08 33046419 0.264 0.239 NAU1125b D08 33046419 0.163 0.155 NAU2631a D08 35689836 0.229 0.210 NAU2631b D08 35689836 0.229 0.210 NAU5379 D08 23238772 0.183 0.168 BNL3140a D09 41018983 0.449 0.360 BNL3140b D09 41018983 0.512 0.394 NAU2873a D09 50715379 0.495 0.385 NAU2873b D09 50715379 0.498 0.387 NAU2954a D09 44671699 0.449 0.360 NAU2954b D09 44671699 0.317 0.275 NAU3100a D09 1609129 0.330 0.286 NAU3100b D09 1609129 0.330 0.286 NAU3277a D09 44671639 0.438 0.357 NAU3277b D09 44671639 0.464 0.372 NAU5189a D09 49805569 0.493 0.384 NAU5189b D09 49805569 0.491 0.383 NAU5508a D09 36179107 0.461 0.371 NAU5508b D09 36179107 0.072 0.070 NAU923 D09 42608151 0.501 0.400 NAU3603 D09 52194600 0.424 0.345 NAU1375a D09 9223243 0.501 0.416 NAU1375b D09 9223243 0.479 0.403 BNL1161 D10 16772954 0.255 0.229 BNL3948a D10 21665070 0.512 0.394 BNL3948b D10 21665070 0.509 0.393 NAU1169a D10 65685416 0.207 0.190 NAU1169b D10 65685416 0.130 0.125 NAU3368a D10 57924983 0.147 0.141 NAU3368b D10 57924983 0.250 0.229 NAU3404a D10 54147837 0.495 0.385 NAU3404b D10 54147837 0.495 0.385 NAU3992 D10 Unknown 0.281 0.249 NAU4921a D10 65685334 0.243 0.221 NAU4921b D10 65685334 0.200 0.186 BNL3997a D11 26231376 0.409 0.345 BNL3997b D11 26231376 0.446 0.368 NAU1366 D11 5452094 0.357 0.305 NAU2016a D11 Unknown 0.507 0.403 NAU2016b D11 Unknown 0.510 0.405 NAU3377a D11 379087 0.072 0.070 NAU3377b D11 379087 0.192 0.178 NAU3377c D11 379087 0.281 0.249 NAU3377d D11 379087 0.214 0.196 NAU3493a D11 61968136 0.619 0.549 NAU3493b D11 61968136 0.631 0.560 NAU4855 D11 18618558 0.080 0.076 BNL3976a D11 17463647 0.223 0.208 BNL3976b D11 17463647 0.278 0.252 BNL2495a D12 51784271 0.467 0.370 BNL2495b D12 51784271 0.458 0.365 CIR170a D12 500220 0.401 0.362 CIR170b D12 500220 0.401 0.362 CIR183a D12 Unknown 0.517 0.401 CIR183b D12 Unknown 0.401 0.334 HAU1292a D12 44125895 0.263 0.237 HAU1292b D12 44125895 0.229 0.210 NAU3881a D12 38589423 0.390 0.324 NAU3881b D12 38589423 0.458 0.365 NAU3881c D12 38589423 0.192 0.178 NAU4926a D12 5980182 0.498 0.409 NAU4926b D12 5980182 0.401 0.347 NAU4926c D12 5980182 0.441 0.374 NAU4926d D12 5980182 0.313 0.283 BNL3280 D13 41263713 0.106 0.102 BNL3558 D13 5643212 0.121 0.113 NAU2443a D13 48572734 0.263 0.237 NAU2443b D13 48572734 0.229 0.210 NAU2443c D13 48572734 0.476 0.379 NAU3589a D13 55405550 0.288 0.256 NAU3589b D13 55405550 0.282 0.251 NAU3861a D13 60004305 0.509 0.393 NAU3861b D13 60004305 0.412 0.337 NAU3948a D13 5376165 0.357 0.305 NAU3948b D13 5376165 0.336 0.290 NAU5262a D13 59990797 0.532 0.425 NAU5262b D13 59990797 0.505 0.409