玉米杂交种纯度鉴定SNP核心引物的确定及高通量检测方案的建立
王蕊, 施龙建, 田红丽, 易红梅, 杨扬, 葛建镕, 范亚明, 任洁, 王璐, 陆大雷, 赵久然, 王凤格

Identification of SNP core primer and establishment of high throughput detection scheme for purity identification in maize hybrids
WANG Rui, SHI Long-Jian, TIAN Hong-Li, YI Hong-Mei, YANG Yang, GE Jian-Rong, FAN Ya-Ming, REN Jie, WANG Lu, LU Da-Lei, ZHAO Jiu-Ran, WANG Feng-Ge
表2 玉米杂交种纯度鉴定候选引物表
Table 2 List of candidate primer for purity identification in maize hybrids
引物编号
Primer ID
引物名称
Primer name
等位变异
Allelic variation
引物序列
Primer sequence (5'-3')
MSNP01 MG002 A/G F1: GGAACTGTGCGTAGTTCCTGAGA
F2: GAACTGTGCGTAGTTCCTGAGG
R: TGATCGAGGAGGACCCCTGCAA
MSNP02 MG013 A/G F1: CCGGAGCTGGCTTCTGAATCAA
F2: CGGAGCTGGCTTCTGAATCAG
R: ACATCCCCATCCTGGGGAGGAA
MSNP03 MG016 T/C F1: GAGCGTCAACGACAAAGCCAAGT
F2: AGCGTCAACGACAAAGCCAAGC
R: CCTGTTAGGTTGTAAGAATTGAGCCTTAT
MSNP04 MG035 A/G F1: GGAGATGCTCTACAAGTTTGTCA
F2: GGAGATGCTCTACAAGTTTGTCG
R: CCTTCGAGGAGGCCAAGGACTT
MSNP05 MG046 A/G F1: CCATGGTTTTAAGGAACTATCGAAAGA
F2: CATGGTTTTAAGGAACTATCGAAAGG
R: ATCAATGTACTCCCATAAGCAGCAACTTT
MSNP06 MG049 C/T F1: CCGTATCATTTAGTGCATCAGAACC
F2: CCGTATCATTTAGTGCATCAGAACT
R: GAGAAATGCAATGCATCAGATCCGGAT
MSNP07 MG055 A/G F1: CATCGAATGGCTGATCATGTTGCAT
F2: ATCGAATGGCTGATCATGTTGCAC
R: CCATTCCCTGTATGACAGACACGAT
MSNP08 MG059 C/T F1: GCCCCTGCATTGTTTGCAGC
F2: CTGCCCCTGCATTGTTTGCAGT
R: GCCACTGCAAATCCAAAGAATCCGTA
MSNP09 MG064 G/T F1: GACTAAACACACTCACTTTCCTGC
F2: CTGACTAAACACACTCACTTTCCTGA
R: AATCGGTGATGAGTGAGTGTCTAACTAAA
MSNP10 MG066 A/C F1: AGGATCACAATCCATCTGCTGCAAA
F2: GATCACAATCCATCTGCTGCAAC
R: CCTGCAGTTGCTACTGATAGTTCTCAA
MSNP11 MG067 A/G F1: ATGTTTCTCAGGACGGTAATAGTGAT
F2: GTTTCTCAGGACGGTAATAGTGAC
R: CCCATCCATTCCACATATTCGGCAA
MSNP12 MG072 A/C F1: GAGTTGTGCTCTGATCCACCCT
F2: AGTTGTGCTCTGATCCACCCG
R: TATTGCGGCATTAAACAAGGGAAAGGAAA
MSNP13 MG088 C/T F1: CGGCCTCCATGCTTGATGATG
F2: CCGGCCTCCATGCTTGATGATA
R: GTCGGTCGAGTCAAAATTCATTTTGGAT
MSNP14 MG092 C/T F1: ACGTCTGACTTGCACGAAACGG
F2: GACGTCTGACTTGCACGAAACGA
R: CTCCGGAGATGATCTCCCGTAATTT
MSNP15 MG094 G/T F1: ATTCGAACTGCTGCCTTGACTAATC
F2: ATTCGAACTGCTGCCTTGACTAATA
R: GCAGCAGTGACTATCCTTCTGAAGAA
MSNP16 MG101 A/C F1: CAATTCCTCCCCTGCAATTTCAACAA
F2: AATTCCTCCCCTGCAATTTCAACAC
R: CAGCCTGGTCGTTGCTTCTGTAATT
MSNP17 MG106 C/T F1: CCAATCAAGGCGGCAACATACC
F2: ACCAATCAAGGCGGCAACATACT
R: GCGTTCATGTTCATGGAAGGCCAAA
MSNP18 MG111 A/G F1: ATTCTGAATGTAAAACTTAACATGCTGCTA
F2: CTGAATGTAAAACTTAACATGCTGCTG
R: AAGTCCTTCCAACTTTCAGCATAAGCAAA
MSNP19 MG134 A/C F1: GGTTACACGACCAAATGAGTACCAT
F2: GTTACACGACCAAATGAGTACCAG
R: TAGGCAGAGCAGCCATTGACAAGTA
MSNP20 MG135 G/T F1: CGCATCCTAATAACATAATTACTCACG
F2: ACGCATCCTAATAACATAATTACTCACT
R: GCGAAACGGGGTGTTAGATAGAGTT
引物编号
Primer ID
引物名称
Primer name
等位变异
Allelic variation
引物序列
Primer sequence (5'-3')
MSNP21 MG143 G/T F1: TATCACTTGTGGATCTATATCTGTG
F2: GCTTATCACTTGTGGATCTATATCTGTT
R: TGAACCCAAAGCCTCGGTGTTCTTT
MSNP22 MG148 G/T F1: AGCTTAGCAGAGCTGCATCTG
F2: CTAGCTTAGCAGAGCTGCATCTT
R: CCCACGTCACCTAGATAAGCCAAAA
MSNP23 MG155 A/G F1: ATACAGTGAAACAGCTTGCACTGGA
F2: CAGTGAAACAGCTTGCACTGGG
R: TTAATTTTTGGAAGAGCTTGCGTTGGGAA
MSNP24 MG157 A/G F1: AGTTACCTGTCATCGATCTCTGGAT
F2: ACCTGTCATCGATCTCTGGAC
R: AAAGCCCTCTGACAATGCTCCAGTA
MSNP25 MG175 C/T F1: GATATTTCTGCAACTAAACATGGCAAG
F2: GGATATTTCTGCAACTAAACATGGCAAA
R: ATACTGGGGTTGTGGGGATAGGATT
MSNP26 MG181 A/G F1: CCTCTGTAAGCGCAGTACTGGT
F2: CTCTGTAAGCGCAGTACTGGC
R: AAATTGCTATGCAAACAGGTTCTGGAGTA
MSNP27 MG186 C/T F1: GAGCTAGTAAATATTGTTGTTGTTCCTC
F2: AGAGCTAGTAAATATTGTTGTTGTTCCTT
R: CGCCGACGGGACGACGGAT
MSNP28 MG191 A/G F1: CATAAACAGTAGGTTTATCGCTGACATAA
F2: AAACAGTAGGTTTATCGCTGACATAG
R: GTGATAACCGATGCAAAATGCTGCTTAAT
MSNP29 MG195 C/T F1: CCAAAGGATAGCACATCTTGGTG
F2: GTCCAAAGGATAGCACATCTTGGTA
R: TGTCAACCGCATCCTGGCAGATAAT
MSNP30 MG207 A/G F1: ACTTCTCCATCCTCTTCCAACATATTA
F2: CTTCTCCATCCTCTTCCAACATATTG
R: AGCTGTCCACCATCAGTACTGGAAT
MSNP31 MG215 T/C F1: AGATGGCATTGTGATCTGTGCACA
F2: GATGGCATTGTGATCTGTGCACG
R: AGCCGAAGGATTGATCCTCCTCAT
MSNP32 MG216 G/T F1: GACGACGACTCCATCGTGACC
F2: GACGACGACTCCATCGTGACA
R: TCAACCCATGGCTGCTCACATGTAA
MSNP33 MG221 G/T F1: GGCATTCTGATTTGACAGCCCAC
F2: GGCATTCTGATTTGACAGCCCAA
R: TCCTGATTCTGTACTTGATTGGACCAAA
MSNP34 MG230 C/T F1: GCAGCTGAGAAACAATTGCAAAGTG
F2: GCAGCTGAGAAACAATTGCAAAGTA
R: GTACTCTCAGATGGTTTTGTGACATCAA
MSNP35 MG236 C/T F1: GTGCTCGAACGAATCGACCAG
F2: CGTGCTCGAACGAATCGACCAA
R: CATCCATGGCGAAGCTCATGAACAA
MSNP36 MG240 G/T F1: GAAACATGAATGCCCTAAATCCTTCG
F2: AGAAACATGAATGCCCTAAATCCTTCT
R: ATTATGTTCACCAAGTATCCAGATGGCAT
MSNP37 MG262 G/T F1: GTAGCGTGTCTCTACGCTCTG
F2: ATGTAGCGTGTCTCTACGCTCTT
R: CAGCGCGTTACGACGAACTCCAA
MSNP38 MG270 A/C F1: GGTTCCATGGCTACCTGACAAGT
F2: GTTCCATGGCTACCTGACAAGG
R: TAGGAGCTAGCCAAGAGCCTACTA
MSNP39 MG271 A/G F1: CAGCGACCTCAAGAAGTTGAAGTAA
F2: AGCGACCTCAAGAAGTTGAAGTAG
R: GTACGACATGCAGTTTGACATCAAGTAT
MSNP40 MG277 A/G F1: GAAGCTACTATTAGCAATGATCTATATGAT
F2: AAGCTACTATTAGCAATGATCTATATGAC
R: ACAGGATTGATAAACATTACCTGCAGGAA
MSNP41 MG278 A/G F1: GATCGTTGTCTTCACAAATGAAGAATAGT
F2: CGTTGTCTTCACAAATGAAGAATAGC
R: GCGAGATATTGAAAGCTAGTGGTGCTA
引物编号
Primer ID.
引物名称
Primer name
等位变异
Allelic variation
引物序列
Primer sequence (5'-3')
MSNP42 MG279 A/G F1: AACGTATGAGATGAACTCACCAGAAA
F2: ACGTATGAGATGAACTCACCAGAAG
R: CTCCGCCGCTGGTGGAGCTA
MSNP43 MG288 A/C F1: GAACTAACTGAGTGTTAAAGGAGCTTAT
F2: AACTAACTGAGTGTTAAAGGAGCTTAG
R: CCTTGACACAACCGCTCTCCTTAAA
MSNP44 MG292 A/G F1: AACCATTCCCTTCATACTTCTTCTCT
F2: ACCATTCCCTTCATACTTCTTCTCC
R: GGGAGTATCTTTTAGGAAGATGTACAGAT
MSNP45 MG293 A/C F1: GACCTGAAATGCTTGGCGAGTCA
F2: ACCTGAAATGCTTGGCGAGTCC
R: GCAGGAGCCTTAGCGTGGCTAT
MSNP46 MG298 A/G F1: CAATCCAAAGCAGAAAGAAGTTGTTCT
F2: AATCCAAAGCAGAAAGAAGTTGTTCC
R: CCAAAACAGTGAAGTGACCGCCAT
MSNP47 MG304 C/T F1: CAAAGTGGTGTAAATGGATGGATCG
F2: CAAAGTGGTGTAAATGGATGGATCA
R: TTGGACACTCCAGGGGATCCTATA
MSNP48 MG311 C/T F1: CCTCAGATCTCATCTATGCTGCC
F2: CCTCAGATCTCATCTATGCTGCT
R: CGTTTCCACATTTTCTGAAGGTTTCACAA
MSNP49 MG328 A/G F1: GCCTCACACATCCATATACGTAGAA
F2: CCTCACACATCCATATACGTAGAG
R: CTTCCATGCATCGCCCTATGGATAT
MSNP50 MG331 C/T F1: AACACTCATGTCTGCTCCAGGG
F2: AAACACTCATGTCTGCTCCAGGA
R: TCGATGTTTTCGATCCCAAGTTCAACATT
MSNP51 MG334 G/T F1: CCACTTCTGCTCGTATGATCTTC
F2: GCCACTTCTGCTCGTATGATCTTA
R: TCCCGTAATCATCTGCTCGTCTGTA
MSNP52 MG347 A/G F1: AACACGAGCTGGTTGATGGATTAGT
F2: CACGAGCTGGTTGATGGATTAGC
R: GCCTCTGGTACGTTAGTTTGCAGTT
MSNP53 MG349 A/G F1: TACTGACCGAGCGATGCTGCT
F2: CTGACCGAGCGATGCTGCC
R: CGCTGATGGTCACAGAAACATCGTT
MSNP54 MG353 A/G F1: ATACCCTCTCCACCAGTTGTTGAT
F2: ACCCTCTCCACCAGTTGTTGAC
R: TCGCAGGGAGGCGTCGTTCAA
MSNP55 MG356 A/C F1: AAAAGTGCAGTTCCTTGCTGTTCATTT
F2: AAGTGCAGTTCCTTGCTGTTCATTG
R: CCCAATGAGCAAAAAGAATAGCACCAAA
MSNP56 MG361 C/T F1: GAAGCAATCCTTCCGGAGGAATG
F2: GAAGCAATCCTTCCGGAGGAATA
R: GAATGTGCAGATTGGATTTGAGGGATAAA
MSNP57 MG364 A/G F1: TGTTCCGAATAGCAAGTGATCTCTTT
F2: GTTCCGAATAGCAAGTGATCTCTTC
R: GGGAAACCTGCAGAATGCTGTTGAT
MSNP58 MG369 A/G F1: GGTTGACATGAGACTTGCAGAGA
F2: GGTTGACATGAGACTTGCAGAGG
R: TCGGGAAGCCATACTTCACATGCAT
MSNP59 MG371 G/T F1: CAAGTGCGCAGCAAGCCAAAAG
F2: AAACAAGTGCGCAGCAAGCCAAAAT
R: CCGTTCTTAAGCGCTCCATCCTTTT
MSNP60 MG382 C/T F1: CACGAAGCTCTCGCGCTCTTC
F2: CACGAAGCTCTCGCGCTCTTT
R: GGCATGGAGCCCCTATCCTTGAT