为探讨反义寡聚核苷酸抑制(antisense oligodeoxynucleotides inhibition)技术在植物材料上的应用, 以已知功能的
To develop the antisense oligonucleotide inhibition technology in plant materials, we used the known-function-gene
反义寡聚核苷酸抑制也称为反义ODN抑制(antisense oligod eoxynucleotid inhibition)。该技术能够高效抑制正常基因的表达, 常用于动物系统或核酸治疗系统[ 1, 2, 3]。推测反义ODN通过依赖于RNA酶H活性的mRNA降解或形成DNA核酸三链复合物(triplex)来抑制转录和翻译[ 4]。与RNAi转基因技术相比, 反义ODN能够抑制正常基因的表达, 虽具有暂时性, 但专一性较强[ 5]。在反义核苷酸的两端加上硫代磷酸脂化修饰(phosphorothioate), 抑制效率和专一性将增加[ 6, 7]。植物细胞具有细胞壁, 反义ODN穿越质膜进入细胞的难度很大。1994年Estruch等[ 8]利用钙离子的沉淀技术在玉米的花粉管中导入反义ODN, 效率很低。在带正电荷的磷脂脂质体的包裹下, 小片段的ODN进入非洲百合花( Agapanthus umbellatus)的花粉管, 由于脂质体的毒性很大, 抑制效果很难被量化[ 9]。摘下大麦叶片插入装有反义ODN的试管, ODN能够直接被大麦吸收, 并抑制目标基因的表达, 但这以破坏植物组织的完整结构为代价[ 10]。反义ODN参与植物细胞的功能基因分析, 需要找到一种适合的应用体系。
ARF-GEFs (guanine-nucleotide exchange factors for ADP-ribosylation factor GTPases)家族在所有真核生物的膜流运输中是必不可少的。它促进GDP的剥落并引进GTP, 使ARF获得活性, 指引其与膜融合[ 11], 8个ARF-EF家族中, GBF (golgi-specific BFA resistance factor)是植物ARF-GEF的标志性亚家族。植物的GBF蛋白在膜流中执行各自保守的功能。 NtGNL1 ( Nicotiana tabacum GNOM- ike1)是烟草GBF的新成员, 该基因与拟南芥 GNL1亲缘关系最近。 NtGNL1基因在烟草的生命周期中广泛表达, 在利用RNAi技术抑制 NtGNL1表达的转基因植株中, 发现其早期胚胎细胞分裂不同步, 胚胎发育不对称, 根毛生长速度明显慢于野生型植株, 且花粉萌发和生长受到抑制[ 12]。对花粉管的细胞学观察还发现, 转基因植株的花粉管尖端的细胞内吞作用、内含体与多泡体之间的囊泡转运出现紊乱[ 13]。
本文将以已知大致功能的 NtGNL1为反义ODN抑制目标, 在烟草的胚珠体外培养系统、种子萌发系统以及花粉离体萌发系统中, 加入针对 NtGNL1基因设计的反义ODN(两端加入硫代磷酸化修饰), 以期探索反义ODN的作用特点, 并进一步分析 NtGNL1在植物囊泡运输中的作用。
根据 NtGNL1基因序列设计反义ODN序列, 为HPLC级别(TaKaRa合成), 选用其中的ON4作为后续试验。试验中随机选择4R-4R3序列(4R, 5'-TCTCACACGCGACC GGGTCTCC-3'; 4R1, 5'-CTCACACGCGACCGGGTC-3'; 4R2, 5'-GCTGCGACCTGCCACAGC-3'; 4R3, 5'-CCGTGA CCTGCACGACGC-3')作为对照序列。预试验中确定为稳定有效的反义ODN序列, 在其5'端和3'端进行磷酸硫代修饰(ON4, 5'-C(S)T(S)G(S)GGCCAGCGCAC(S)A(S)C(S)-3') (标记由TaKaRa完成), 该反义ODN序列能够特异地抑制烟草花粉管中 NtGNL1的表达[ 14]。本文结果部分提到的对照, 是从上述4R-4R3对照序列中随机选取的。
野生型烟草SR1的培养条件为26℃, 16 h光照, 8 h黑暗。试验材料早期胚珠、种子和花粉均来自培养的野生型烟草。
1.2.1 胚珠离体培养 对受精后的烟草子房, 以75%的医用酒精表面灭菌, 4%的次氯酸钠(NaClO)溶液浸泡 10 min, 无菌水清洗3次, 每次5 min。刮取胚珠并于13%的甘露醇(2 mL)中清洗一次, 2 mL培养基清洗2次, 将胚珠接种到培养基中(MS, 6%蔗糖, 不附加激素, pH调至5.8, 0.25 µm微孔滤膜过滤灭菌), 每1.5 mL培养基中接种100~150个胚珠[ 15]。在培养基中添加反义ODN至终浓度为5 μmol L-1, 培养胚珠30 d, 每10 d观察一次。
1.2.2 胚胎的透明观察 采用二步酶解法分离二胞原胚。对小球型及其以后时期的胚胎分离, 采取平头玻棒研磨, 在显微镜下将分离的胚胎用微吸针吸出并清洗。
用先经卡诺氏液固定, 后用霍氏透明剂透明的胚珠观察球形胚及更晚期的胚。用镊子和解剖针剥离胎座上的胚珠, 无菌水清洗一次, 再加入卡诺氏固定剂(无水乙醇与冰醋酸以3∶1的体积比混合)固定。室温处理3 h, 无菌水清洗, 取胚珠铺展于载玻片上, 稍干燥后滴加改良霍氏透明剂(7.5 g阿拉伯树胶、100 g水合氯醛、5 mL甘油和60 mL双蒸水混合后过夜溶解), 15 min后封片, 透明过夜后在干涉差显微镜下观察。
1.2.3 种子的液体培养 野生型烟草种子经表面消毒后, 在MS液体培养基中培养, 其中含5 μmol L-1反义ODN, 培养箱28℃暗培养2 d。后转移到光照培养箱28℃每天光照16 h培养, 7 d后测量统计反义ODN处理的种子的萌发率。
1.2.4 反义ODN处理体外培养的花粉并染色观察 采集成熟花粉在花粉培养基中培养, 加入反义ODN至终浓度为5 μmol L-1, 28℃暗培养。烟草花粉的体外萌发培养基配方为5 µmol L-1 CaCl2、5 µmol L-1 Ca(NO3)2、1 mmol L-1 Mg(SO4)2、0.01% H3BO3、18%蔗糖, pH 6.5~7.0[ 16]。
取培养3 h对照和处理的花粉, 加入FM4-64染液至终浓度为2~4 μmol L-1。封片, 在倒置显微镜(Leica)下获取FM4-64染色的花粉管图像, 并用MetaMorph软件(Universal Imaging Corporation Inc.)的序列抓拍功能, 以0.5 s的间隔时间取图, 跟踪观察花粉管的囊泡运输。
从野生型和经反义ODN处理的体外萌发花粉管中提取mRNA (TRIreagent), 反转录成cDNA (SuperScript III)。选择5个膜流相关基因(其引物序列如表1), 进行半定量RT-PCR分析。
用Metamorph采集数字图象, 软件Adobe Photoshop CS4作图像排版。采用Microsoft Excel 2003软件统计分析试验数据。
在胚珠的体外萌发系统中施加反义ODN, 观察反义ODN的抑制效果。经过30 d连续观察, 发现反义ODN对胚珠的生长影响不显著(图1-A, B)。经反义ODN处理的胚珠外部形态(颜色、外形、体积等)与对照组没有观察到明显差别。对培养期的胚珠进行不同时期的胚胎分离, 结果表明, 处理组的胚胎中, 胚胎发育时期没有明显的滞后现象。对早期(二胞前后)的胚珠提取mRNA, 发现 NtGNL1的表达有所下降, 但在晚期中观察不到(图片未展示)。在小球型胚(图1-C)之后的转化期, 偶见不对称发育的胚 (图1-D), 和一些胚胎细胞隆起于胚表面的胚(图1-E), 这部分发育不正常的胚的比例并不高。在体外培养的胚珠中分离到的鱼雷期胚, 显示大部分的胚胎形态正常(图1-F)。然而, 在针对 NtGNL1的RNAi转基因中, 早期胚胎异常[ 12]。上述结果表明, 在烟草胚珠的体外培养体系中, 反义ODN抑制的效果不明显。
将不同序列的反义ODN应用于液体培养的烟草种子, 发现针对 NtGNL1设计的反义ODN引物, 在培养基中加入5 μmol L-1引物ON4和ON6后观察到种子萌发的明显迟缓。同时, 萌发率以及萌发后的根生长速度均下降(图 2), 而其余的反义ODN片段并没有影响种子的萌发。这一现象类似于 NtGNL1的RNAi转基因植株的表型[ 12]。在ON4、ON6处理组萌发出的幼苗中提取mRNA, 发现
NtGNL1的表达都有所下降(图3), 但将幼苗进一步移栽至土壤中, 一周后检测, NtGNL1并未下调(图3)。
在胚珠体外培养和种子萌发培养基中, 在特定的反义ODN处理下(ON4和ON6), 偶引起早期胚胎表型异常, 种子萌发延迟, 但其作用不能持续。目标基因mRNA的表达在短时间内下降, 但之后逐渐恢复。推测可能是反义ODN在进入珠被和种皮时, 遇到多层细胞的阻碍[ 17]。也有极大可能是反义ODN虽有少量进入, 但逐渐被细胞内的内切酶消化, 难有持续作用。因此, 在不同培养体系中以反义ODN处理相对有效的作用时间, 可以达到抑制目标基因表达的目的。
使用反义ODN的有效片段ON4、ON6处理体外萌发的花粉管, 发现目标基因的mRNA水平下调, 并且花粉管的生长受到抑制, 出现一些不正常的表型, 比如弯曲、折叠等[ 14]。所有表型都类似于 NtGNL1的RNAi转基因植株的花粉管。这些证明反义ODN抑制在花粉管培养的8 h左右[ 14], 对目标基因的抑制是非常有效的。
利用内吞标记染料FM4-64对ON4组花粉管囊泡跟踪观察发现, FM4-64在花粉管尖端的分布模式发生了很明显的改变。在对照组花粉管的尖端, FM4-64定位的囊泡在几分钟之内, 可以形成一个倒锥形或者又叫倒喷泉的模型[ 20], 即尖端的V型区域内聚集着大量的内吞囊泡(图4-A, B)。但在反义ODN处理的花粉管中, 大部分尖端的V型区一直没有出现, 亚尖端区域反而形成了聚集的囊泡(图4-C, D)。这些表型和我们在 NtGNL1的RNAi植株的花粉管中观察到的非常类似[ 13], 也证明反义ODN在花粉中的反义抑制的有效性。
在ON4的处理组中, 跟踪观察FM4-64在不同时间内的定位, 可以显示囊泡的变化。在野生型的花粉管中, 囊泡随着时间的延长将有不同的分布, 起初是在膜周, 渐渐荧光增强转向花粉管内的细胞器。然而在一定时间内 (60 min), 囊泡在花粉管的尖端区域沿膜的分布明显(图5-A, B, C, D)。而在反义ODN处理的花粉管中, 弯折花粉管的囊泡分布在尖端边缘(图5-G, H), 甚至覆盖了花粉管的接近亚尖端的区域, 而并没有在尖端的中心出现(图5-J); 可以看出这些尖端的亮团比较大, 可能是囊泡已经发生了部分的聚集(图5-J)。
在反义ODN处理的花粉管中, 对花粉管的FM4-64染色和显微缩时观察发现, 囊泡运输的方向和分布方式都发生了改变, 推测花粉管囊泡运输的分布和方向都受到 NtGNL1的调控。
应根据 NtGNL1基因的mRNA设计长度适中的反义ODN序列, 序列太长不易被细胞吸收, 太短会降低序列的特异性。利用Oligo软件预测反义ODN片段的二级结构, 在GenBank搜索每条设计好的序列, 避免误伤其他基因。同时, 为了保证反义ODN序列能够有效地渗透进供试材料, 而不被细胞内的核酸酶消化, 应对设计的反义ODN序列进行了磷酸硫代化修饰[ 21]。另外为排除外源核酸引起的细胞毒性, 在本试验中, 设计了多重对照(不同的ODN序列)来减少系统本身的副作用。
反义ODN进入细胞的机制还不很明确, 在其他植物系统中, 为解决反义ODN进入植物细胞壁的问题, 不得不借用一些转运系统如脂质体协助, 或者直接破坏植物组织的结构, 以利于植物细胞直接吸收[ 18]。最近, 有在植物叶绿体中应用反义ODN成功的例子, 也借助了仪器的导入[ 19]。有研究认为细胞直接的内吞作用和受体介导的内吞在反义ODN渗透进入细胞的过程中起了一定作用。也有资料显示细胞表面存在能够结合反义ODN的受体蛋白, 这也可能是反义ODN能够更高效地进入细胞的原因[ 22]。相比胚珠和外皮种子, 花粉管的细胞为单层, 且一直处于胞吞胞吐的活跃状态, 更容易接受外源信号的刺激。
植物细胞壁存在非通透性, 它与反义ODN都带有负电荷, 使得反义ODN进入植物细胞存在天然障碍。也有研究认为单糖或多糖能够促进裸露的反义ODN进入细胞[ 18]。在本试验中, 胚珠、种子, 花粉的培养基中都有蔗糖, 在花粉体外培养系统中, 培养基含有大量的糖(20%), 这可能是促进反义ODN进入花粉管的原因。同时, 观察到在反义ODN处理花粉管8 h后抑制效果不再明显, 推测可能是反义ODN片段被花粉管内的酶消化或本身在执行功能时被消耗[ 14]。因此, 反义ODN的直接共培养适用于花粉离体萌发这一类短时间的培养体系, 而不适用于离体胚珠培养这样一类时间长、反义ODN又难以渗透的体系。当然, 反义ODN可以作为一种瞬时转基因的方法来研究单基因功能, 前提是必须在预试验中确定反义ODN作用的有效时间。
囊泡运输是由多个基因调控的复杂过程, 本研究通过反义ODN抑制 NtGNL1后, 确定 Rab11b、Ara7和 Rac5基因的表达量明显下调。
Rab11b基因存在于尖端胞质中, 可能调控尖端倒锥形结构中囊泡的循环, 即循环内含体。花粉管的极性生长集中在花粉管的尖端区域, 为尖端生长提供物质基础的大细胞器的分布往往远离尖端。囊泡运输在花粉管的极性生长过程中转运物质, 为尖端生长提供物质基础[ 23]。 Rab11b基因的表达抑制或失能突变将引起尖端的囊泡循环受阻, 切断花粉管极性生长的物质供应, 引起花粉管弯曲生长。在本实验中, 反义ODN抑制处理的花粉管中, 确实出现了弯曲生长的表型[ 14]。
Ara7可能定位于早期囊泡或晚期囊泡中, 决定多泡体和高尔基体之间的运输[ 24]。多泡体起源于高尔基体, 并以分泌泡的形式将高尔基体合成的物质运送至细胞壁[ 25]。因此, Ara7可能通过调节细胞壁的生长调节花粉管的极性生长。前期工作发现 Ara7与 NtGNL1是部分共定位的[ 13]。因此, 反义ODN抑制影响 Ara7的表达也是可能的。
Rac5主要是调节微丝骨架的方向, 囊泡沿着固定的微丝骨架定向运输是细胞极性生长的基础[ 26]。在花粉管的生长中, 肌动蛋白组装成微丝纤维, 构成微丝骨架。微丝骨架即膜泡运输的轨道, 蛋白质、脂类等装载于膜泡中沿着微丝轨道特异地运送到生长点[ 27]。 Rac5表达量下调将引起微丝的不正常生长, 导致囊泡不能够正确定位到生长点, 阻碍花粉管的极性生长, 会出现花粉管生长缓慢, 也和本试验中的反义抑制出现的拟表型类似[ 28]。
这3个基因表达量的下调都能显著影响囊泡运输, 进而影响花粉管的极性生长。在花粉管的极性生长过程中, NtGNL1可能通过调控囊泡运输的多个节点, 间接地调控花粉管的极性生长。
被 NtGNL1影响的3个基因, 主要定位于植物细胞的后高尔基体转运途径, 或与囊泡转运有密切关系的微丝骨架上。因此, 进一步验证了 NtGNL1在植物后高尔基体转运中的重要作用, 但不能确认是依赖网格蛋白还是非依赖网格蛋白的内吞途径。微丝骨架与植物细胞后高尔基体转运的关系, 还需要更多研究来解释。
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