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甘薯PHB基因家族的全基因组鉴定和表达分析
梅玉琴, 刘意, 王崇, 雷剑, 朱国鹏, 杨新笋
作物学报    2023, 49 (6): 1715-1725.   DOI: 10.3724/SP.J.1006.2023.24142
摘要   (383 HTML42 PDF(pc) (2453KB)(450)  

蛋白质抑制素(prohibitin, PHB)是在原核生物到真核生物中发现的含有SPFH结构域的蛋白质。植物PHB基因家族参与多种不同生物过程的重要功能, 包括生长发育以及对生物和非生物胁迫的响应。目前PHB蛋白在拟南芥、水稻、玉米、大豆、番茄和陆地棉等多种植物中被鉴定。但对甘薯中PHB家族的系统分析仍未确定。本研究鉴定出甘薯11个PHB基因, 且对这些保守的蛋白质基序和基因结构的分析显示它们在系统发育亚群中具有高度的保守性。此外, 启动子区域预测出与多种激素调节及胁迫相关的顺式作用元件, 同时研究发现IbPHB基因在植物不同部位及受到不同的非生物胁迫时的表达模式存在差异。本研究系统分析了甘薯中IbPHB基因的一般特性, 为甘薯及其他植物中PHB基因的功能特性研究提供了理论基础。



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图3 甘薯PHB基因家族进化树与基因结构
A: 甘薯PHB家族基因系统进化树; B: IbPHB保守基序; C: 保守结构域分布。
正文中引用本图/表的段落
通过MEME在线工具对IbPHB基因进行保守基序Motif分析发现, 11个IbPHB基因家族成员所包含的保守基序数量和分布存在差异, 范围为0~5个(图3-B)。IbPHB4IbPHB9的保守基序数量为0, 可能是因为这2个成员的蛋白序列所含氨基酸数较少; IbPHB5IbPHB6含有的motif最多, 且均含有motif 6、motif 7、motif 8、motif 9和motif 10; IbPHB1IbPHB2IbPHB8含有相似的motif, 均含有motif 3和motif 4; IbPHB3IbPHB7IbPHB10IbPHB11含有相似的motif, 均含有motif 1、motif 2、motif 5和motif 8。利用NCBI-CDD数据库对IbPHB基因进行蛋白保守结构域分析(图3-C)发现, IbPHB基因家族成员有0~8个内含子, 3~11个外显子。
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