粳稻叶绿体基因组的密码子用法

作物学报 ›› 2004, Vol. 30 ›› Issue (12): 1220-1224.

粳稻叶绿体基因组的密码子用法

刘庆坡;薛庆中

浙江大学农业与生物技术学院农学系，浙江杭州310029

收稿日期:2003-09-15 修回日期:2004-03-28 出版日期:2004-12-12 网络出版日期:2004-12-12
通讯作者: 薛庆中

Codon Usage in the Chloroplast Genome of Rice (Oryza sativa L. ssp. japonica cv. Nipponbare )

LIU Qing-Po;XUE Qing-Zhong

Department of Agronomy, College of Agriculture and Biotechnology, Zhejiang University, Hangzhou 310029, Zhejiang

Received:2003-09-15 Revised:2004-03-28 Published:2004-12-12 Published online:2004-12-12
Contact: XUE Qing-Zhong

摘要/Abstract

摘要： 基因组密码子使用受多种因素的影响，本试验通过对应分析探讨了若干重要因子对粳稻品种“日本晴”叶绿体全基因组序列密码子用法的效应，结果指出，在影响最大的第一条向量轴上，基因的位置坐标与该基因的表达水平（CAI）和GC3s极显著相关（r = 0.785**和－0.804**），而CAI与GC3s高度负相关（r = －0.917**）；说明基因表达

关键词: 水稻, 叶绿体基因组, 密码子使用, 对应分析, 基因表达水平, G+C含量

Abstract: The codon usage in the genome is usually influenced by many factors. A correspondence analysis was performed for exploring the effects of several important factors on codon usage in the complete chloroplast genome sequences of Nipponbare. The results showed that there were significant correlations (

Key words: Rice, Chloroplast genome, Codon usage, Correspondence analysis, Gene expression level, GC content

中图分类号:

S511

刘庆坡;薛庆中. 粳稻叶绿体基因组的密码子用法[J]. 作物学报, 2004, 30(12): 1220-1224.

LIU Qing-Po;XUE Qing-Zhong. Codon Usage in the Chloroplast Genome of Rice (Oryza sativa L. ssp. japonica cv. Nipponbare )[J]. Acta Agron Sin, 2004, 30(12): 1220-1224.

导出引用管理器 EndNote|Reference Manager|ProCite|BibTeX|RefWorks

链接本文: https://zwxb.chinacrops.org/CN/

https://zwxb.chinacrops.org/CN/Y2004/V30/I12/1220

参考文献

相关文章 15

[1]	胡赵, 钱润, 谢丰璞, 应素平. 水稻SPX基因家族鉴定及响应磷处理的表达分析[J]. 作物学报, 2026, 52(6): 1902-1912.
[2]	邹仪妹, 徐敏, 汪海洋, 姚辉, 王加峰, 刘浩, 任代胜. 两系不育系水稻幼苗根系响应盐胁迫的转录因子调控网络鉴定[J]. 作物学报, 2026, 52(6): 1728-1742.
[3]	闫安, 蒋昆炜, 王蓉圆, 田林, 张璐, 王韵, 徐建龙. 水稻剑叶小维管束数基因SVN7的鉴定与克隆[J]. 作物学报, 2026, 52(5): 1364-1372.
[4]	陈伟, 卫万娟, 赵其兵, 常东伟, 余凌波, 翟鹏飞, 冯志明, 陈宗祥, 任仰涛, 杨鹏, 刘海浪, 李珍富, 杨永乐, 金彦刚, 左示敏. 利用CRISPR/Cas9编辑Hd6基因创制优质早熟水稻新种质[J]. 作物学报, 2026, 52(4): 1046-1056.
[5]	石少阶, 刘凯, 陈姿夷, 王卉颖, 李三和, 周雷, 游艾青. 水稻矮化多分蘖基因DMT1的克隆与功能分析[J]. 作物学报, 2026, 52(4): 1022-1034.
[6]	覃奕琰, 付瑶, 苏畅, 李娜, 徐静茹, 程笑然, 张琪, 赵明辉. OsST41调控水稻苗期耐盐性的功能分析[J]. 作物学报, 2026, 52(3): 802-812.
[7]	叶凡, 李帅, 李思宇, 陈云, 窦超银, 刘立军. 不同节水灌溉方式对东北稻区水稻产量和群体质量的影响[J]. 作物学报, 2026, 52(3): 895-907.
[8]	王婵, 吴莹莹, 李文奇, 李霞, 王芳权, 周彤, 杨杰. 基于HRM技术开发水稻抗条纹叶枯病基因STV11功能标记[J]. 作物学报, 2025, 51(9): 2547-2556.
[9]	陈惠莹, 何嘉欣, 朱斌, 黄士轩, 周星佑, 伍君权, 杨美艳. 水稻黄单胞菌噬菌体vB_XaS_HDB2的全基因组分析和生物学特性研究[J]. 作物学报, 2025, 51(8): 2087-2099.
[10]	杨海洋, 吴林宣, 李博纹, 石翰峰, 袁禧龙, 刘金朝, 蔡海荣, 陈诗怡, 郭涛, 王慧. 基于QTL定位发现的OsWRI3调控水稻种子的落粒性[J]. 作物学报, 2025, 51(7): 1712-1724.
[11]	雷松翰, 范骏扬, 车艳奕, 代永东, 郑雨萌, 田维江, 桑贤春, 王晓雯. 水稻内卷叶突变体acl3的鉴定及调控基因的功能分析[J]. 作物学报, 2025, 51(6): 1467-1479.
[12]	李福媛, 杨奕, 马继琼, 许明辉, 林良斌, 孙一丁. 水稻OsPUB4基因克隆、激素诱导表达分析与互作蛋白筛选[J]. 作物学报, 2025, 51(6): 1690-1700.
[13]	王梦宁, 谢可冉, 高逖, 王飞, 任孝俭, 熊栋梁, 黄见良, 彭少兵, 崔克辉. 水稻幼穗分化期至抽穗期高温对籽粒形态和充实的影响及其与粒重的关系[J]. 作物学报, 2025, 51(5): 1347-1362.
[14]	盛倩男, 方娅婷, 赵剑, 杜思垚, 胡行珍, 余秋华, 朱俊, 任涛, 鲁剑巍. 不同养分管理措施对稻田和旱地油菜产量的影响及其对冻害的响应[J]. 作物学报, 2025, 51(5): 1286-1298.
[15]	翁文安, 邢志鹏, 胡群, 魏海燕, 廖萍, 朱海滨, 瞿济伟, 李秀丽, 刘桂云, 高辉, 张洪程. 无人化旱直播水稻产量形成特征及其能量与经济效益研究[J]. 作物学报, 2025, 51(5): 1363-1377.

Metrics

Viewed

Full text

Abstract

Cited

Shared

Discussed