水稻和拟南芥NBS-LRR基因家族同义密码子使用偏好的比较

作物学报 ›› 2005, Vol. 31 ›› Issue (05): 596-602.

水稻和拟南芥NBS-LRR基因家族同义密码子使用偏好的比较

张晓峰;薛庆中

浙江大学农业与生物技术学院农学系，浙江杭州310029

收稿日期:2004-04-01 修回日期:2004-08-28 出版日期:2005-05-12 网络出版日期:2005-05-12
通讯作者: 薛庆中

Synonymous Codon Bias of NBS-LRR Gene Family in Rice and Arabidopsis

ZHANG Xiao-Feng;XUE Qing-Zhong

Department of Agronomy, College of Agriculture and Biotechnology, Zhejiang University, Hangzhou 310029, Zhejiang

Received:2004-04-01 Revised:2004-08-28 Published:2005-05-12 Published online:2005-05-12
Contact: XUE Qing-Zhong

摘要/Abstract

摘要： 应用软件CodonW，对全基因组进行分析，鉴定出水稻和拟南芥NBS-LRR基因家族的最优密码子分别为25和16种。NBS-LRR基因家族与其全基因组的最优密码子一致，但两个物种间彼此完全不一致，密码子使用上发生偏向的程度也不尽相同。说明NBS-LRR基因家族的密码子使用偏好受物种自身的影响很大。同时，同一物种内基因家族对密码子的

关键词: 水稻, 拟南芥, NBS-LRR基因, 密码子用法

Abstract: The variation in codon usage of NBS-LRR gene in completely sequenced genomes of rice and Arabidopsis families both within and between genomes was investigated using a universal multivariate analysis program--CodonW. In 59 synonymous codons detected, 25 optimal codons of rice and 16 optimal codons of

Key words: Rice, Arabidopsis, NBS-LRR gene, Codon usage

中图分类号:

S511

张晓峰;薛庆中. 水稻和拟南芥NBS-LRR基因家族同义密码子使用偏好的比较[J]. 作物学报, 2005, 31(05): 596-602.

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