适于海岛棉指纹图谱构建的SNP核心位点筛选与评价

doi:10.3724/SP.J.1006.2019.84123

Abstract

Abstract:

Sea-island cotton (G. barbadense), characterized by its extra-long staple (ELS), strong and fine fibers, and disease resistance, provides important natural fiber for textile industry, also key donor for improving agronomic traits of upland cotton. However, compared to G. hirsutum, there are few studies on genetic diversity and genotyping in G. barbadense. To obtain the SNP core loci for fingerprinting construction of sea-island cotton accessions, we performed SNP genotyping within 282 accessions using the CottonSNP80K array. A total of 2594 high-quality SNP loci were obtained based on the selective criteria of call frequency for each locus > 0.95, loci with polymorphism, minor allele frequency (MAF) > 0.01, heterozygosity rate < 0.05, and the removal of same genotype. Further, the number of optimized core loci was screened by gradients analysis. With the number of loci increasing, the discrimination ability of the sea-island cotton accessions increased gradually. When the loci were 200, the recognition rate was 89%, and when the number of the loci increased to 1500, the recognition rate was 99%. When the loci were further increased, no significantly improved recognition rate was detected. Based on the detection using the 1500 core loci combination, the average MAF value was 0.14, the average heterozygosity rate was 0.007, and the average polymorphism information content was 0.21. The polyacrylamide gel electrophoresis for the core SNP loci verified the consistency as high as 98.3% between SNP-PCR and chip genotyping. This study provides a set of core SNP loci suitable for constructing fingerprinting of sea-island cotton accessions, which can be used for genetic diversity analysis and fingerprinting identification of sea-island cotton.

Key words: gene array, DNA fingerprint, SNP, sea-island cotton

Le-Chen LI,Guo-Zhong ZHU,Xiu-Juan SU,Wang-Zhen GUO. Genome-wide screening and evaluation of SNP core loci for fingerprinting construction of cotton accessions (G. barbadense)[J].Acta Agronomica Sinica, 2019, 45(5): 647-655.

Figures/Tables 6

Supplementary table 1

Sea-island cotton accessions used in this study"

序号No.	材料名称 Accession name		来源 Source
1	1-11 G-29	1-11 G-29	新疆农业大学	XJAU
2	13--1	13-1	新疆农业大学	XJAU
3	13-1H	13-1H	新疆农业大学	XJAU
4	2-6323	2-6323	新疆农业大学	XJAU
5	3-79	3-79	新疆农业大学	XJAU
6	504-N	504-N	新疆农业大学	XJAU
7	6--20	6-20	新疆农业大学	XJAU
8	65-3049-6	65-3049-6	新疆农业大学	XJAU
9	66-170	66-170	新疆农业大学	XJAU
10	9899I	9899I	新疆农业大学	XJAU
11	Ⅱ(13)	II (13)	新疆农业大学	XJAU
12	AW2021	AW2021	新疆农业大学	XJAU
13	AW2022	AW2022	新疆农业大学	XJAU
14	AW2023	AW2023	新疆农业大学	XJAU
15	AW2025	AW2025	新疆农业大学	XJAU
16	AW2026	AW2026	新疆农业大学	XJAU
17	AW2046	AW2046	新疆农业大学	XJAU
18	AW2066	AW2066	新疆农业大学	XJAU
19	AW2068	AW2068	新疆农业大学	XJAU
20	AW2075	AW2075	新疆农业大学	XJAU
21	AW2079	AW2079	新疆农业大学	XJAU
22	AW2081	AW2081	新疆农业大学	XJAU
23	AW2129	AW2129	新疆农业大学	XJAU
24	AW2130	AW2130	新疆农业大学	XJAU
25	C-6013	C-6013	新疆农业大学	XJAU
26	C6020	C6020	新疆农业大学	XJAU
27	C-6022	C-6022	新疆农业大学	XJAU
28	U15	U15	新疆农业大学	XJAU
29	DC1022	DC1022	新疆农业大学	XJAU
30	DC1023	DC1023	新疆农业大学	XJAU
31	DC1024	DC1024	新疆农业大学	XJAU
32	DC1026	DC1026	新疆农业大学	XJAU
33	DC216	DC216	新疆农业大学	XJAU
34	DC217	DC217	新疆农业大学	XJAU
35	DC218	DC218	新疆农业大学	XJAU
36	DC220	DC220	新疆农业大学	XJAU
37	DC221	DC221	新疆农业大学	XJAU
38	DC222	DC222	新疆农业大学	XJAU
39	DC223	DC223	新疆农业大学	XJAU
40	DC224	DC224	新疆农业大学	XJAU
41	DC225	DC225	新疆农业大学	XJAU
42	DC226	DC226	新疆农业大学	XJAU
43	DC227	DC227	新疆农业大学	XJAU
44	DC228	DC228	新疆农业大学	XJAU
45	DC229	DC229	新疆农业大学	XJAU
46	DC230	DC230	新疆农业大学	XJAU
47	DC231	DC231	新疆农业大学	XJAU
48	DC232	DC232	新疆农业大学	XJAU
49	DC233	DC233	新疆农业大学	XJAU
50	DC234	DC234	新疆农业大学	XJAU
51	DC235	DC235	新疆农业大学	XJAU
52	DC236	DC236	新疆农业大学	XJAU
53	DC237	DC237	新疆农业大学	XJAU
54	DF野生棉	DF wild cotton	新疆农业大学	XJAU
55	DJ-07-136	DJ-07-136	新疆农业大学	XJAU
56	E24-3389	E24-3389	新疆农业大学	XJAU
57	Giza36	Giza36	新疆农业大学	XJAU
58	Giza45	Giza45	新疆农业大学	XJAU
59	H7124	H7124	新疆农业大学	XJAU
60	Hhha-5	Hhha-5	新疆农业大学	XJAU
61	K103	K103	新疆农业大学	XJAU
62	K113	K113	新疆农业大学	XJAU
63	K146	K146	新疆农业大学	XJAU
64	K222	K222	新疆农业大学	XJAU
65	K307	K307	新疆农业大学	XJAU
66	K308	K308	新疆农业大学	XJAU
67	K309	K309	新疆农业大学	XJAU
68	K339	K339	新疆农业大学	XJAU
69	K366	K366	新疆农业大学	XJAU
70	K399	K399	新疆农业大学	XJAU
71	K9237	K9237	新疆农业大学	XJAU
72	L13	L13	新疆农业大学	XJAU
73	L16	L16	新疆农业大学	XJAU
74	L17	L17	新疆农业大学	XJAU
75	L18	L18	新疆农业大学	XJAU
76	L19	L19	新疆农业大学	XJAU
77	L2	L2	新疆农业大学	XJAU
78	L22	L22	新疆农业大学	XJAU
79	L23	L23	新疆农业大学	XJAU
80	L24	L24	新疆农业大学	XJAU
81	L25	L25	新疆农业大学	XJAU
82	L26	L26	新疆农业大学	XJAU
83	L27	L27	新疆农业大学	XJAU
84	L28	L28	新疆农业大学	XJAU
85	L-3398	L-3398	新疆农业大学	XJAU
86	L7	L7	新疆农业大学	XJAU
87	N10	N10	新疆农业大学	XJAU
88	N12	N12	新疆农业大学	XJAU
89	N15	N15	新疆农业大学	XJAU
90	N16	N16	新疆农业大学	XJAU
91	N17	N17	新疆农业大学	XJAU
92	N18	N18	新疆农业大学	XJAU
93	N19	N19	新疆农业大学	XJAU
94	N21	N21	新疆农业大学	XJAU
95	N22	N22	新疆农业大学	XJAU
96	N23	N23	新疆农业大学	XJAU
97	N24	N24	新疆农业大学	XJAU
98	N26	N26	新疆农业大学	XJAU
99	N27	N27	新疆农业大学	XJAU
100	N29	N29	新疆农业大学	XJAU
101	N30	N30	新疆农业大学	XJAU
102	N31	N31	新疆农业大学	XJAU
103	N32	N32	新疆农业大学	XJAU
104	N34	N34	新疆农业大学	XJAU
105	N36	N36	新疆农业大学	XJAU
106	N37	N37	新疆农业大学	XJAU
107	N38	N38	新疆农业大学	XJAU
108	N40	N40	新疆农业大学	XJAU
109	N7	N7	新疆农业大学	XJAU
110	N8	N8	新疆农业大学	XJAU
111	N9	N9	新疆农业大学	XJAU
112	P1野生棉	P1 wild cotton	新疆农业大学	XJAU
113	Pima	Pima	新疆农业大学	XJAU
114	Pima S-3	Pima S-3	新疆农业大学	XJAU
115	SH39	SH39	新疆农业大学	XJAU
116	SO717	S0717	新疆农业大学	XJAU
117	Termez 16	Termez 16	新疆农业大学	XJAU
118	U47	U47	新疆农业大学	XJAU
119	U49	U49	新疆农业大学	XJAU
120	阿垦785-3	Aken785-3	新疆农业大学	XJAU
121	阿长599	Achang 599	新疆农业大学	XJAU
122	埃及系列三(2)	Egyptain cotton III (2)	新疆农业大学	XJAU
123	埃及系列三(4)	Egyptain cotton III (4)	新疆农业大学	XJAU
124	埃棉2号	Egyptain cotton 2	新疆农业大学	XJAU
125	巴4055-8	Ba4055-8	新疆农业大学	XJAU
126	巴州843037	Bazhou 843037	新疆农业大学	XJAU
127	比马I	PimaI	新疆农业大学	XJAU
128	二24	Er24	新疆农业大学	XJAU
129	二25	Er25	新疆农业大学	XJAU
130	二7	Er7	新疆农业大学	XJAU
131	海1	Hai 1	新疆农业大学	XJAU
132	海7124	Hai 7124	新疆农业大学	XJAU
133	海92-138	Hai 92-138	新疆农业大学	XJAU
134	海92-5	Hai92-5	新疆农业大学	XJAU
135	机采生试	Jicaishengshi	新疆农业大学	XJAU
136	吉扎36号	Giza36	新疆农业大学	XJAU
137	吉扎67	Giza67	新疆农业大学	XJAU
138	吉扎76	Giza76	新疆农业大学	XJAU
139	金垦1256	Jinken 1256	新疆农业大学	XJAU
140	军海1号	Junhai 1	新疆农业大学	XJAU
141	抗77-65	Kang77-65	新疆农业大学	XJAU
142	洛赛亚(0)	luosaiya (0)	新疆农业大学	XJAU
143	米10号	Mi 10	新疆农业大学	XJAU
144	农大11	Nongda 11	新疆农业大学	XJAU
145	农大2	Nongda 2	新疆农业大学	XJAU
146	农大21	Nongda 21	新疆农业大学	XJAU
147	农大26	Nongda 26	新疆农业大学	XJAU
148	农大28	Nongda 28	新疆农业大学	XJAU
149	农大3	Nongda 3	新疆农业大学	XJAU
150	农大31	Nongda 31	新疆农业大学	XJAU
151	农大32	Nongda 32	新疆农业大学	XJAU
152	农大37	Nongda 37	新疆农业大学	XJAU
153	农大4	Nongda 4	新疆农业大学	XJAU
154	农大40	Nongda 40	新疆农业大学	XJAU
155	农大46	Nongda 46	新疆农业大学	XJAU
156	农大49	Nongda 49	新疆农业大学	XJAU
157	农大55	Nongda 55	新疆农业大学	XJAU
158	农大7	Nongda 7	新疆农业大学	XJAU
159	农大A6	Nongda A6	新疆农业大学	XJAU
160	农大A8	Nongda A8	新疆农业大学	XJAU
161	农大A9	Nongda A9	新疆农业大学	XJAU
162	农大I	Nongda I	新疆农业大学	XJAU
163	农大长59	Nongdachang 59	新疆农业大学	XJAU
164	农科1	Nongke 1	新疆农业大学	XJAU
165	农科10	Nongke 10	新疆农业大学	XJAU
166	农科12	Nongke 12	新疆农业大学	XJAU
167	农科13	Nongke 13	新疆农业大学	XJAU
168	农科17	Nongke 17	新疆农业大学	XJAU
169	农科18	Nongke 18	新疆农业大学	XJAU
170	农科19	Nongke 19	新疆农业大学	XJAU
171	农科2	Nongke 2	新疆农业大学	XJAU
172	农科20	Nongke 20	新疆农业大学	XJAU
173	农科27	Nongke 27	新疆农业大学	XJAU
174	农科28	Nongke 28	新疆农业大学	XJAU
175	农科29	Nongke 29	新疆农业大学	XJAU
176	农科3	Nongke 3	新疆农业大学	XJAU
177	农科30	Nongke 30	新疆农业大学	XJAU
178	农科33	Nongke 33	新疆农业大学	XJAU
179	农科34	Nongke 34	新疆农业大学	XJAU
180	农科36	Nongke 36	新疆农业大学	XJAU
181	农科41	Nongke 41	新疆农业大学	XJAU
182	农科44	Nongke 44	新疆农业大学	XJAU
183	农科45	Nongke 45	新疆农业大学	XJAU
184	农科48	Nongke 48	新疆农业大学	XJAU
185	农科5	Nongke 5	新疆农业大学	XJAU
186	农科51	Nongke 51	新疆农业大学	XJAU
187	农科52	Nongke 52	新疆农业大学	XJAU
188	农科54	Nongke 54	新疆农业大学	XJAU
189	农科56	Nongke 56	新疆农业大学	XJAU
190	农科57	Nongke57	新疆农业大学	XJAU
191	农科58	Nongke 58	新疆农业大学	XJAU
192	农科8	Nongke 8	新疆农业大学	XJAU
193	农科90	Nongke 90	新疆农业大学	XJAU
194	农科A10	Nongke A10	新疆农业大学	XJAU
195	农科A11	Nongke A11	新疆农业大学	XJAU
196	农科A12	Nongke A12	新疆农业大学	XJAU
197	农科A13	Nongke A13	新疆农业大学	XJAU
198	农科A14	Nongke A14	新疆农业大学	XJAU
199	农科A15	Nongke A15	新疆农业大学	XJAU
200	农科A16	Nongke A16	新疆农业大学	XJAU
201	农科A18	Nongke A18	新疆农业大学	XJAU
202	农科A19	Nongke A19	新疆农业大学	XJAU
203	农科A22	Nongke A22	新疆农业大学	XJAU
204	农科A23	Nongke A23	新疆农业大学	XJAU
205	农科A24	Nongke A24	新疆农业大学	XJAU
206	农科A25	Nongke A25	新疆农业大学	XJAU
207	农科A26	Nongke A26	新疆农业大学	XJAU
208	农科A27	Nongke A27	新疆农业大学	XJAU
209	农科A4	Nongke A4	新疆农业大学	XJAU
210	农科A5	Nongke A5	新疆农业大学	XJAU
211	农科A7	Nongke A7	新疆农业大学	XJAU
212	农科长22	Nongkechang 22	新疆农业大学	XJAU
213	生1	Sheng 1	新疆农业大学	XJAU
214	司605	Si 605	新疆农业大学	XJAU
215	司6249-2	Si 6249-2	新疆农业大学	XJAU
216	苏联K102	USSRK102	新疆农业大学	XJAU
217	塔海901	Tahai 901	新疆农业大学	XJAU
218	吐75-86	Tu 75-86	新疆农业大学	XJAU
219	新海1号	Xinhai 1	新疆农业大学	XJAU
220	新海10号	Xinhai 10	新疆农业大学	XJAU
221	新海11号	Xinhai1 1	新疆农业大学	XJAU
222	新海12号	Xinhai 12	新疆农业大学	XJAU
223	新海13号	Xinhai 13	新疆农业大学	XJAU
224	新海15号	Xinhai 15	新疆农业大学	XJAU
225	新海18号	Xinhai 18	新疆农业大学	XJAU
226	新海19号	Xinhai 19	新疆农业大学	XJAU
227	新海2号	Xinhai 2	新疆农业大学	XJAU
228	新海20号	Xinhai 20	新疆农业大学	XJAU
229	新海21号	Xinhai 21	新疆农业大学	XJAU
230	新海22号	Xinhai 22	新疆农业大学	XJAU
231	新海23号	Xinhai 23	新疆农业大学	XJAU
232	新海24号	Xinhai24	新疆农业大学	XJAU
233	新海25号	Xinhai 25	新疆农业大学	XJAU
234	新海26号	Xinhai 26	新疆农业大学	XJAU
235	新海27号	Xinhai 27	新疆农业大学	XJAU
236	新海28号	Xinhai 28	新疆农业大学	XJAU
237	新海29号	Xinhai 29	新疆农业大学	XJAU
238	新海3号	Xinhai 3	新疆农业大学	XJAU
239	新海30号	Xinhai 30	新疆农业大学	XJAU
240	新海31号	Xinhai 31	新疆农业大学	XJAU
241	新海32号	Xinhai 32	新疆农业大学	XJAU
242	新海33号	Xinhai 33	新疆农业大学	XJAU
243	新海34号	Xinhai 34	新疆农业大学	XJAU
244	新海35号	Xinhai 35	新疆农业大学	XJAU
245	新海36号	Xinhai 36	新疆农业大学	XJAU
246	新海37号	Xinhai 37	新疆农业大学	XJAU
247	新海38号	Xinhai 38	新疆农业大学	XJAU
248	新海40号	Xinhai 40	新疆农业大学	XJAU
249	新海42号	Xinhai 42	新疆农业大学	XJAU
250	新海5号	Xinhai 5	新疆农业大学	XJAU
251	新海6号	Xinhai 6	新疆农业大学	XJAU
252	新海7号	Xinhai 7	新疆农业大学	XJAU
253	新海8号	Xinhai 8	新疆农业大学	XJAU
254	新库K2442	Xinku K2442	新疆农业大学	XJAU
255	引字6022	Yingzi 6022	新疆农业大学	XJAU
256	跃51-12	Yue 51-12	新疆农业大学	XJAU
257	跃51-3	Yue 51-3	新疆农业大学	XJAU
258	跃51-6	Yue 51-6	新疆农业大学	XJAU
259	跃进1号	Yuejin1hao	新疆农业大学	XJAU
260	云南1号	Yunnan 1	新疆农业大学	XJAU
261	长区10号	Changqu 10	新疆农业大学	XJAU
262	长区3号	Changqu 3	新疆农业大学	XJAU
263	长区4号	Changqu 4	新疆农业大学	XJAU
264	长区5号	Changqu 5	新疆农业大学	XJAU
265	长绒3号	Changrong 3	新疆农业大学	XJAU
266	长生2号	Changsheng 2	新疆农业大学	XJAU
267	3-79	3-79	中国农业科学院棉花研究所	ICRCAAS
268	910依	910Y	中国农业科学院棉花研究所	ICRCAAS
269	Pima 90	Pima 90	中国农业科学院棉花研究所	ICRCAAS
270	比马1	Pima1	中国农业科学院棉花研究所	ICRCAAS
271	比马79-103	Pima79-103	中国农业科学院棉花研究所	ICRCAAS
272	海92-138	Hai92-138	中国农业科学院棉花研究所	ICRCAAS
273	华东海岛棉	Huadong haidao mian	中国农业科学院棉花研究所	ICRCAAS
274	吉扎81号	Giza 81	中国农业科学院棉花研究所	ICRCAAS
275	吉扎85	Giza 85	中国农业科学院棉花研究所	ICRCAAS
276	抗萎2号	kangwei 2	中国农业科学院棉花研究所	ICRCAAS
277	米努非	Minufei	中国农业科学院棉花研究所	ICRCAAS
278	胜利1号	Shengli 1	中国农业科学院棉花研究所	ICRCAAS
279	苏丹长绒	Sudan changrong	中国农业科学院棉花研究所	ICRCAAS
280	苏联B154	Sulian B154	中国农业科学院棉花研究所	ICRCAAS
281	苏联B51	Sulian B51	中国农业科学院棉花研究所	ICRCAAS
282	新海5号	Xinhai 5	中国农业科学院棉花研究所	ICRCAAS

Supplementary table 1

Fig. 1

Table 1

Fig. 2

Table 2

Fig. 3

References 31

[1]	Dai J, Dong H . Intensive cotton farming technologies in China: achievements, challenges and counter measures. Field Crops Res, 2014,155:99-110. doi: 10.1016/j.fcr.2013.09.017
[2]	汪志国, 王思明 . 美棉在中国的引种与发展. 中国农学通报, 2006,22:421-426.
	Wang Z G, Wang S M . Introduction and development of American cotton in China. Chin Agric Sci Bull, 2006,22:421-426 (in Chinese with English abstract).
[3]	宋宪亮, 孙学振, 张天真, 王洪刚 . 棉花遗传多态性研究进展. 西北植物学报, 2004,24:2393-2397.
	Song X L, Sun X Z, Zhang T Z, Wang H G . Advances on genetic diversity of cotton (Gossypium) . Acta Bot Boreali-Occident Sin, 2004,24:2393-2397 (in Chinese with English abstract).
[4]	姚贺盛, 张亚黎, 易小平, 薛军, 罗毅, 罗宏海, 张旺锋 . 海岛棉和陆地棉叶片光合特性、冠层结构及物质生产的差异. 中国农业科学, 2015,48:251-261.
	Yao H S, Zhang Y L, Yi X P, Xu J, Luo Y, Luo H H, Zhang W F . Study on differences in comparative canopy structure characteristics and photosynthetic carbon assimilation of field-grown pima cotton (Gossypium barbadense) and upland cotton(G. hirsutum). Sci Agric Sin, 2015,48:251-261 (in Chinese with English abstract).
[5]	Liu N, Tu L L, Tang W X, Gao W H, Lindsey K, Zhang X L . Small RNA and degradome profiling reveals a role for miRNAs and their targets in the developing fibers of Gossypium barbadense. Plant J, 2014,80:331-344.
[6]	孔庆平 . 我国海岛棉生产概况及比较优势分析. 中国棉花. 2002,29(12):19-23.
	Kong Q P . Analysis on the situation and comparative advantages of island cotton production in China. China Cotton, 2002,29(12):19-23 (in Chinese).
[7]	刘霞, 白玉林, 王绎衡, 杜斌, 杨勇, 王承强, 李小童 . 海岛棉育种现状、未来方向以及生产建议. 中国棉花, 2015,42(10):11-13.
	Liu X, Bai Y L, Wang Y H, Du B, Yang Y, Wang C Q, Li X T . Breed situation, future development direction and production suggest of sea island cotton in China. China Cotton, 2015,42(10):11-13 (in Chinese).
[8]	邰红忠, 练文明, 卢金宝 . 新疆海岛棉育种现状及存在问题. 中国棉花, 2013,40(6):15-17. doi: 1000-632X（2013）06-0015-03
	Tai H Z, Lian W M, Lu J B . Current situation and problems in island cotton breeding in Xinjiang. China Cotton, 2013,40(6):15-17 (in Chinese). doi: 1000-632X（2013）06-0015-03
[9]	Kuang M, Wei S J, Wang Y Q, Zhou D Y, Ma L, Fang D, Yang W H . Development of a core set of SNP markers for the identification of upland cotton cultivars in China. J Integr Agric, 2016,15:954-962. doi: 10.1016/S2095-3119(15)61226-6
[10]	Sheidai M, Riazifar M, Hoordadian A, Alishah O . Genetic finger printing of salt- and drought-tolerant cotton cultivars ( Gossypium hirsutum) by IRAP-REMAP and SRAP molecular markers. Plant Gene, 2018,14:12-19.
[11]	潘兆娥, 何守朴, 贾银华 , Podolnaya L P 孙君灵, 王立如, 杜雄明. , 引进海岛棉种质的SSR遗传多样性分析. 植物遗传资源学报, 2014,15:399-404.
	Pan Z E, He S P, Jia Y H, Podolnaya L P, Sun J L, Wang L R, Du X M . Genetic diversity analysis of the sea island cotton introduced using SSR markers. J Plant Genet Resour, 2014,15:399-404 (in Chinese with English abstract).
[12]	李金荣, 王小国, 朱永军, 张西英, 张薇 . 利用SSR标记对14个海岛棉品种的聚类分析. 新疆农业科学, 2009,46:237-241.
	Li J R, Wang X G, Zhu Y J, Zhang X Y, Zhang W . Cluster analysis on 14 sea-island cotton by SSRs. Xinjiang Agric Sci, 2009,46:237-241 (in Chinese with English abstract).
[13]	李武, 倪薇, 林忠旭, 张献龙 . 海岛棉遗传多样性的SRAP标记分析. 作物学报, 2008,34:893-898.
	Li W, Ni W, Lin Z X, Zhang X L . Genetic diversity analysis of sea-island cotton cultivars using SRAP markers. Acta Agron Sin, 2008,34:893-898 (in Chinese with English abstract).
[14]	Wang S, Chen J D, Zhang W P, Hu Y, Chang L J, Fang L, Wang Q, Lü F N, Wu H T, Si Z F, Chen S Q, Cai C P, Zhu X F, Zhou B L, Guo W Z, Zhang T Z . Sequence-based ultra-dense genetic and physical maps reveal structural variations of allopolyploid cotton genomes. Genome Biol, 2015,16, doi: 10.1186/s13059-015- 0678-1.
[15]	Liu X, Zhao B, Zheng H J, Hu Y, Lu G, Yang C Q, Chen J D, Chen J J, Chen D Y, Zhang L, Zhou Y, Wang L J, Guo W Z, Bai Y L, Ruan J X, Shangguan X X, Mao Y B, Shan C M, Jiang J P, Zhu Y Q, Jin L, Kang H, Chen S T, He X L, Wang R, Wang Y Z, Chen J, Wang L J, Yu S T, Wang B Y, Wei J, Song S C, Lu X Y, Gao Z C, Gu W Y, Deng X, Ma D, Wang S, Liang W H, Fang L, Cai C P, Zhu X F, Zhou B L, Chen Z J, Xu S H, Zhang Y G, Wang S Y, Zhang T Z, Zhao G P, Chen X Y . Gossypium barbadense genome sequence provides insight into the evolution of extra-long staple fiber and specialized metabolites. Sci Rep, 2015,5, doi: 10.1038/srep14139.
[16]	Yuan D J, Tang Z H, Wang M J, Gao W H, Tu L L, Jin X, Chen L L, He Y H, Zhang L, Zhu L F, Li Y, Liang Q Q, Lin Z X, Yang X Y, Liu N A, Jin S X, Lei Y, Ding Y H, Li G L, Ruan X A, Ruan Y J, Zhang X L . The genome sequence of Sea-Island cotton (Gossypium barbadense) provides insights into the allopolyploidization and development of superior spinnable fibres. Sci Rep, 2015,5, doi: 10.1038/srep17662.
[17]	Cai C P, Zhu G Z, Zhang T Z, Guo W Z . High-density 80 K SNP array is a powerful tool for genotyping G. hirsutum accessions and genome analysis. BMC Genomics, 2017,18, doi: 10.1186/s 12864-017-4062-2.
[18]	朱国忠, 张芳, 付洁, 李乐晨, 牛二利, 郭旺珍 . 适于陆地棉品种身份鉴定的SNP核心位点筛选与评价. 作物学报, 2018,44:1631-1639.
	Zhu G Z, Zhang F, Fu J, Li L C, Niu E L, Guo W Z . Genome-wide screening and evaluation of SNP core loci for identification of upland cotton varieties. Acta Agron Sin, 2018,44:1631-1639 (in Chinese with English abstract).
[19]	Zhang J, Stewart J M . Economical and rapid method for extracting cotton genomic DNA. J Cotton Sci, 2000,4:193-201.
[20]	Fang L, Gong H, Hu Y, Liu C X, Zhou B L, Huang T, Wang Y K, Chen S Q, Fang D D, Du X M, Chen H, Chen J D, Wang S, Wang Q, Wan Q, Liu B L, Pan M, Chang L J, Wu H T, Mei G F, Xiang D, Li X H, Cai C P, Zhu X F, Chen Z J, Han B, Chen X Y, Guo W Z, Zhang T Z, Huang X H . Genomic insights into divergence and dual domestication of cultivated allotetraploid cottons. Genome Biol, 2017,18, doi: 10.1186/s13059-017-1167-5
[21]	Wang P, Ding Y Z, Lu Q X, Guo W Z, Zhang T Z . Development of Gossypium barbadense chromosome segment substitution lines in the genetic standard line TM-1 of Gossypium hirsutum. Chin Sci Bull, 2008,53:1512-1517.
[22]	马麒, 宿俊吉, 宁新柱, 李吉莲, 刘萍, 陈红, 林海, 邓福军 . 新疆海岛棉种质资源表型性状遗传多样性分析. 新疆农业科学, 2016,53:197-206.
	Ma Q, Su J J, Ning X Z, Li J L, Liu P, Chen H, Lin H, Deng F J . Genetic diversity analysis on phenotypic traits of sea island cotton ( G. barbadense) germplasm resources in Xinjiang. Xinjiang Agric Sci, 2016,53:197-206 (in Chinese with English abstract).
[23]	李剑峰 . 中国长绒棉研究与生产概况. 江西棉花, 2008,30(3):8-11.
	Li J F . Survey of long-staple cotton research and production of China. Jiangxi Cotton, 2008,30(3):8-11 (in Chinese with English abstract).
[24]	孙正文, 匡猛, 马峙英, 王省芬 . 利用CottonSNP63K芯片构建棉花品种的指纹图谱. 中国农业科学, 2017,50:4692-4704.
	Sun Z W, Kuang M, Ma Z Y, Wang S F . Construction of cotton variety fingerprints using CottonSNP63K array. Sci Agric Sin, 2017,50:4692-4704 (in Chinese with English abstract).
[25]	吴大鹏, 房嫌嫌, 马梦楠, 陈进红, 祝水金 . 四个国家海岛棉品种资源的亲缘关系和遗传多态性研究. 棉花学报, 2010,22:104-109.
	Wu D P, Fang X X, Ma M N, Chen J H, Zhu S H . Genetic relationship and diversity of the germplasms inGossypium barbadense L. from four different countries using SSR markers. Cotton Sci, 22:104-109 (in Chinese with English abstract).
[26]	Ghislain M, Zhang D, Fajardo D, Huamán Z, Hijmans R J . Marker-assisted sampling of the cultivated Andeanpotato solanumphureja collection using RAPD markers. Genetic Resour Crop Evol, 1999,46:547-555.
[27]	Suzuki Y, Sekiya T, Hayashi K . Allele-specific polymerase chain reaction: a method for amplification and sequence determination of a single component among a mixture of sequence variants. Anal Biochem, 1991,192:82-84. doi: 10.1016/0003-2697(91)90188-Y
[28]	Orita M, Suzuki Y, Sekiya T, Hayashi K . Rapid and sensitive detection of point mutations and DNA polymorphisms using the polymerase chain reaction. Genomics, 1989,5:874-879. doi: 10.1016/0888-7543(89)90129-8
[29]	Drenkard E, Richter B G, Rozen S, Stutius L M, Angell N A, Mindrinos M, Cho R J, Oefner P J, Davis R W, Ausubel F M . A simple procedure for the analysis of single nucleotide polymorphisms facilitates map-based cloning in Arabidopsis. Plant Physiol, 2000,124:1483-1492. doi: 10.1104/pp.124.4.1483
[30]	Schmalzing D, Belenky A, Novotny M A, Koutny L, Salas-Solano O, EI-Difrawy S, Adourian A, Matsudaira P, Ehrlich D . Microchip electrophoresis: a method for high-speed SNP detection. Nucl Acids Res, 2000,28:e43. doi: 10.1093/nar/28.9.e43
[31]	Semagn K, Babu R, Hearne S, Olsen M . Single nucleotide polymorphism genotyping using Kompetitive Allele Specific PCR (KASP): overview of the technology and its application in crop improvement. Mol Breed, 2014,33:1-14. doi: 10.1007/s11032-013-9917-x

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位点数 SNP No.	最小等位基因频率 MAF	杂合率 Heterogeneity	多态信息含量 PIC	识别率 Recognition rate
200	0.16	0.008	0.22	0.89
300	0.16	0.008	0.22	0.89
400	0.13	0.007	0.19	0.92
500	0.15	0.007	0.22	0.93
1000	0.14	0.007	0.21	0.97
1500	0.14	0.007	0.21	0.99
2000	0.14	0.007	0.21	0.99
2500	0.14	0.007	0.21	0.99

SNP标记 SNP marker	染色体 Chr.	位置 Position (bp)	不匹配数目Unmatched No.	引物 Primer (5°-3°)
TM6482	A03	12431407	0	F: GGCCCCCAATTACACCCCACAAG R: ATCGATCCCAGGTCTTCCCCTATGC
TM10688	A05	14284527	0	F: GTTAGGTAAAACGTTCGTTGAGATGACGAATG R: GAACCATTTGCAATTTAAAAATTTATAGTGATAAGA
TM15125	A06	65978280	0	F: ATCTCATTTCTATCTATTTATTGCATTGACATGGA R: CCTGTAGGTTTCAAAGGGTTGCAAGTTAGG
TM13666	A06	1879153	0	F: GCAGTCAAAAAATAACAGTTAAAGGCGTAGGGATA R: GGGCTTTGGATCTACTTAATTTCACTCCACTG
TM20004	A07	26468617	0	F: CAACGTCTTAATTTGTTATGTTCTTAGAGTATTGCA R: ATGGCACGTTGACAACTTGACTCTTTCAC
TM20245	A07	39991651	0	F: CATCAAACGACGACAAGTGGGTAACAAGA R: AGAAGTATGTTTACCACACAACCGAGGTTATCAAC
TM53439	D03	1828343	0	F: CCAACGACGATCAGGGTAATCTTGTCTCATA R: TCAATAGCAGGAGAGTTGGTTCCAGTGATTATT
TM55633	D04	4698154	1	F: AAGTAGTTCGTAGTATGAGAATAGCAACGAAGATAG R: TCAAAAACTTTCATTCAAGTCACTAAATCATTCAAA
SNP标记 SNP marker	染色体 Chr.	位置 Position (bp)	不匹配数目Unmatched No.	引物 Primer (5°-3°)
TM58458	D05	52701130	0	F: TTTTTATCTTTAAGGTCGCCGCATGTGAC R: ACCGATTGATTTTAAAGTTCCAAAAGAGAAGTTTG
TM73511	D10	6454604	0	F: GGGCACCTATCTTCTCTACACCTAACCCTTG R: AGAGCCAAACAAATGCACCAAATAGGGT
TM80347	D13	5410937	1	F: ATCTATTCCCTTTTTGACCTTCTCGACCAAA R: AAAACAACACTGTTTCAGGTAAAAGCTGACCA
TM80357	D13	5464413	0	F: TGACATGTGTTTGACATATTTGGATATGGATCTG R: AATGAAACCAATTTTAAAAGACCAATGCCTAAAGA
Ghhis3	D03	4814901		F: CGGTGGTGTGAAGAAGCCTCAT R: AATTTCACGAACAAGCCTCTGGAA

Genome-wide screening and evaluation of SNP core loci for fingerprinting construction of cotton accessions (G. barbadense)

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[2]	LI Yun-Xiang, GUO Qian-Qian, HOU Wan-Wei, ZHANG Xiao-Juan. Genome-wide association analysis of drought resistance traits in wheat seedlings introduced from ICARDA [J]. Acta Agronomica Sinica, 2025, 51(9): 2387-2398.
[3]	WANG Qiong, ZOU Dan-Xia, CHEN Xing-Yun, ZHANG Wei, ZHANG Hong-Mei, LIU Xiao-Qing, JIA Qian-Ru, WEI Li-Bin, CUI Xiao-Yan, CHEN Xin, WANG Xue-Jun, CHEN Hua-Tao. Genome-wide association analysis and candidate genes prediction of flowering time and maturity date traits in soybean (Glycine max L.) [J]. Acta Agronomica Sinica, 2025, 51(6): 1558-1568.
[4]	MENG Xiang-Yu, DIAO Deng-Chao, LIU Ya-Rui, LI Yun-Li, SUN Yu-Chen, WU Wei, ZHAO Wen, WANG Yu, WU Jian-Hui, LI Chun-Lian, ZENG Qing-Dong, HAN De-Jun, ZHENG Wei-Jun. Genetic analysis of high yield and yield stability characteristics of new wheat variety Xinong 877 [J]. Acta Agronomica Sinica, 2025, 51(5): 1261-1276.
[5]	CAO Zhi-Yang, GAO Li-Feng, JIANG Dong-Yan, WANG Shu-Guang, YANG Jin-Wen, JIA Ji-Zeng, LI Ning, SUN Dai-Zhen. Identification of genetic loci related to low phosphorus tolerance at the seedling stage in wheat and analysis of candidate genes [J]. Acta Agronomica Sinica, 2025, 51(10): 2632-2651.
[6]	HAN Li, TANG Sheng-Sheng, LI Jia, HU Hai-Bin, LIU Long-Long, WU Bin. Construction of SNP high-density genetic map and localization of QTL for β-glucan content in oats [J]. Acta Agronomica Sinica, 2024, 50(7): 1710-1718.
[7]	ZHANG Zhi-Yuan, ZHOU Jie-Guang, LIU Jia-Jun, WANG Su-Rong, WANG Tong-Zhu, ZHAO Cong-Hao, YOU Jia-Ning, DING Pu-Yang, TANG Hua-Ping, LIU Yan-Lin, JIANG Qian-Tao, CHEN Guo-Yue, WEI Yu-Ming, MA Jian. Identification and verification of low-tillering QTL based on a new model of genetic analysis in wheat [J]. Acta Agronomica Sinica, 2024, 50(6): 1373-1383.
[8]	TIAN Hong-Li, YANG Yang, FAN Ya-Ming, YI Hong-Mei, WANG Rui, JIN Shi-Qiao, JIN Fang, ZHANG Yun-Long, LIU Ya-Wei, WANG Feng-Ge, ZHAO Jiu-Ran. Development of an optimal core SNP loci set for maize variety genuineness identification [J]. Acta Agronomica Sinica, 2024, 50(5): 1115-1123.
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[11]	LI Yun-Xiang, ZHANG Si-Tian, HOU Wan-Wei, ZHANG Xiao-Juan. Drought resistance identification and SNP association analysis of wheat germplasm introduced by ICARDA at seedling stage [J]. Acta Agronomica Sinica, 2024, 50(11): 2742-2753.
[12]	LU Zong-Hui, SI Er-Jing, YE Pei-Yin, WANG Jun-Cheng, YAO Li-Rong, MA Xiao-Le, LI Bao-Chun, WANG Hua-Jun, SHANG Xun-Wu, MENG Ya-Xiong. Genome-wide association analysis and candidate genes prediction of β-glucan content in barley grains [J]. Acta Agronomica Sinica, 2024, 50(10): 2483-2492.
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