长江流域是中国油菜主产区, 该区域常年湿润多雨, 且产区实行油菜-水稻轮作制度, 导致渍害频发。为明确甘蓝型油菜(Brassica napus L.)对苗期渍害的响应机制, 本研究采用盆栽试验, 以强耐渍品系YZ12、中等耐渍品系YZ45和不耐渍品系YZ59为试验材料, 研究苗期淹水对油菜表型性状、生理特性、光合作用、相关基因相对转录水平等的影响, 同时分析了外源激素抑制剂对油菜渍害胁迫的影响。结果表明, 淹水胁迫严重抑制油菜生长, 根系活力可作为衡量淹水胁迫对油菜生长影响的指示指标。根细胞超微结构观察发现, 淹水胁迫导致油菜根系细胞发生质壁分离及细胞器破碎解体, 强、中耐渍油菜的细胞器受损程度较小, 能够在淹水胁迫中维持较为正常的细胞形态; 淹水胁迫下根部细胞骨架相关基因Bnamicrotubule1.A3、Bnatubulin-α2.C3、Bnatubulin-β7.C6、Bnalamin-like.A2相对转录水平显著下调至对照水平(CK)的0.2~0.5倍; 无氧呼吸相关基因BnaPDC.C9、BnaLDH.A1、BnaADH.A7表达量显著升高, 为CK的3~6倍, 且在中、强耐渍油菜中诱导表达水平更高。过氧化物酶(peroxidase, POD)、超氧化物歧化酶(superoxide dismutase, SOD)活性随淹水时间延长呈先升后降趋势, 过氧化氢酶(catalase, CAT)活性和丙二醛(malondialdehyde, MDA)含量呈升高趋势, 其中强耐渍品系抗氧化酶活性相对较高, 而MDA增幅较小。淹水胁迫严重影响油菜叶片光合效率及叶绿素含量, 导致油菜叶绿素含量、光合速率、气孔导度和蒸腾速率显著下降, 胞间CO2浓度显著升高, 且不耐渍品系变化幅度相对较大。淹水胁迫导致油菜乙烯(ethylene, ET)和脱落酸(abscisic acid, ABA)含量显著升高, 其中强耐渍品系ET含量较高, 不耐渍品系ABA含量较高; 强耐渍品系的ET信号相关基因BnaACO1.C8、BnaERF73.C6相对转录水平显著上调, 不耐渍品系ABA合成相关基因BnaZEP.A7相对转录水平上调。外源喷施激素抑制剂可改善淹水胁迫对油菜的伤害, 但不同外源激素抑制剂效果差异明显。综上, 不同耐渍性甘蓝型油菜苗期对淹水胁迫响应在表型、生理代谢、光合、激素和基因转录水平存在差异。甘蓝型油菜通过调控细胞骨架、无氧呼吸、激素代谢相关基因的相对转录水平, 引起植株内抗氧化酶活性、激素水平、光合效率、根部超微结构及根系活力改变, 进而响应淹水胁迫。